中国生化药物杂志
中國生化藥物雜誌
중국생화약물잡지
CHINESE JOURNAL OF BIOCHEMICAL PHARMACEUTICS
2015年
2期
96-99
,共4页
于靖%曾绪芬%王佳旺%廉铮%赵晨
于靖%曾緒芬%王佳旺%廉錚%趙晨
우정%증서분%왕가왕%렴쟁%조신
酰基转移酶%LovD%洛伐他汀%酶活性%动力学模拟
酰基轉移酶%LovD%洛伐他汀%酶活性%動力學模擬
선기전이매%LovD%락벌타정%매활성%동역학모의
acyltransferase%LovD%lovastatin%enzyme activity%dynamics simulation
目的 将突变前后的蛋白进行分子动力学模拟,从而探讨酰基转移酶LovD活性提高的原因.方法 对酰基转移酶的平面结构进行拟合,通过底物通道NVR2.1计算软件得到LovD的主要底物,在酶活性测定过程中计算均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)和势能、G0和G5的均方根波动(root mean square fluctuation,RMSF)数值、主要α螺旋区域Ⅰ与通道周围其他螺旋区域的距离等指标.结果 RMSD和势能的计算结果表明,叠合后的蛋白结构组成并没有发生较大的变换;G0和G5的RMSD数值比较表明,G0和G5整体的运动没有发生较大的变化;G0和G5的RMSF数值比较表明,4个局部柔性峰值微弱变化区域和1个柔性变化较大的区域;通过底物通道计算软件得到LovD主要的4条底物通道,α螺旋区域Ⅰ是形成通道的核心螺旋区域;比较G0和G5的主要通道的宽度、长度、弯曲率等数值,突变后G5的主要通道变宽、变短、弯曲率变小;G5的距离变大.结论 远距离的突变使得LovD活性提高是由于α螺旋Ⅰ末端的柔性变化,导致α螺旋Ⅰ的运动的变化,使得在α螺旋Ⅰ附近底物通道变短、变宽、弯曲率减小.这些变化可能降低了底物进出主要通道的阻力,使得参与酶催化的底物在通过这些通道的时候的速率加快,从而使得催化效率提高.
目的 將突變前後的蛋白進行分子動力學模擬,從而探討酰基轉移酶LovD活性提高的原因.方法 對酰基轉移酶的平麵結構進行擬閤,通過底物通道NVR2.1計算軟件得到LovD的主要底物,在酶活性測定過程中計算均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)和勢能、G0和G5的均方根波動(root mean square fluctuation,RMSF)數值、主要α螺鏇區域Ⅰ與通道週圍其他螺鏇區域的距離等指標.結果 RMSD和勢能的計算結果錶明,疊閤後的蛋白結構組成併沒有髮生較大的變換;G0和G5的RMSD數值比較錶明,G0和G5整體的運動沒有髮生較大的變化;G0和G5的RMSF數值比較錶明,4箇跼部柔性峰值微弱變化區域和1箇柔性變化較大的區域;通過底物通道計算軟件得到LovD主要的4條底物通道,α螺鏇區域Ⅰ是形成通道的覈心螺鏇區域;比較G0和G5的主要通道的寬度、長度、彎麯率等數值,突變後G5的主要通道變寬、變短、彎麯率變小;G5的距離變大.結論 遠距離的突變使得LovD活性提高是由于α螺鏇Ⅰ末耑的柔性變化,導緻α螺鏇Ⅰ的運動的變化,使得在α螺鏇Ⅰ附近底物通道變短、變寬、彎麯率減小.這些變化可能降低瞭底物進齣主要通道的阻力,使得參與酶催化的底物在通過這些通道的時候的速率加快,從而使得催化效率提高.
목적 장돌변전후적단백진행분자동역학모의,종이탐토선기전이매LovD활성제고적원인.방법 대선기전이매적평면결구진행의합,통과저물통도NVR2.1계산연건득도LovD적주요저물,재매활성측정과정중계산균방근편차(root mean square deviation,RMSD)화세능、G0화G5적균방근파동(root mean square fluctuation,RMSF)수치、주요α라선구역Ⅰ여통도주위기타라선구역적거리등지표.결과 RMSD화세능적계산결과표명,첩합후적단백결구조성병몰유발생교대적변환;G0화G5적RMSD수치비교표명,G0화G5정체적운동몰유발생교대적변화;G0화G5적RMSF수치비교표명,4개국부유성봉치미약변화구역화1개유성변화교대적구역;통과저물통도계산연건득도LovD주요적4조저물통도,α라선구역Ⅰ시형성통도적핵심라선구역;비교G0화G5적주요통도적관도、장도、만곡솔등수치,돌변후G5적주요통도변관、변단、만곡솔변소;G5적거리변대.결론 원거리적돌변사득LovD활성제고시유우α라선Ⅰ말단적유성변화,도치α라선Ⅰ적운동적변화,사득재α라선Ⅰ부근저물통도변단、변관、만곡솔감소.저사변화가능강저료저물진출주요통도적조력,사득삼여매최화적저물재통과저사통도적시후적속솔가쾌,종이사득최화효솔제고.
