中国抗生素杂志
中國抗生素雜誌
중국항생소잡지
CHINESE JOURNAL OF ANTIBIOTICS
2015年
3期
171-177
,共7页
Actinoplanes sp.N902-109%基因组测序%雷帕霉素%生物合成基因簇
Actinoplanes sp.N902-109%基因組測序%雷帕黴素%生物閤成基因簇
Actinoplanes sp.N902-109%기인조측서%뢰파매소%생물합성기인족
Actinoplanes sp.N902-109%Genome%Sequencing%Rapamycin%Gene clusters
Actinoplanes sp.N902-109是继吸水链霉菌ATCC292953后分离的第二株能够产生雷帕霉素的放线菌.采用Roche 454GS FLX测序技术和Sanger法PCR测序技术,我们首次完成了Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定.Actinoplanes sp.N902-109基因组为环状,长度为9228054bp,GC含量71.3％,编码8212个蛋白,其中5460个编码蛋白被注释有明确的生物学功能.应用AntiSMASH和NRPS predictor软件预测基因组中存在22个次级代谢生物合成基因簇,包含首次鉴定的完整的游动放线菌来源雷帕霉素生物合成基因簇.利用Mummer和Mauve软件对N902-109和已公布的游动放线菌属Actinoplanes SE50/1 1 0和Actinoplanesmissouriensis 431两株菌株全基因组进行比较分析.通过Actinoplanessp.N902-109基因注释和比较基因组学分析,在全基因组水平上了解Actinoplanes sp.N902-109的遗传物质基础,为开展Actinoplanessp.N902-109的代谢调控研究和遗传重组改造奠定基础.
Actinoplanes sp.N902-109是繼吸水鏈黴菌ATCC292953後分離的第二株能夠產生雷帕黴素的放線菌.採用Roche 454GS FLX測序技術和Sanger法PCR測序技術,我們首次完成瞭Actinoplanes sp.N902-109全基因組序列測定.Actinoplanes sp.N902-109基因組為環狀,長度為9228054bp,GC含量71.3％,編碼8212箇蛋白,其中5460箇編碼蛋白被註釋有明確的生物學功能.應用AntiSMASH和NRPS predictor軟件預測基因組中存在22箇次級代謝生物閤成基因簇,包含首次鑒定的完整的遊動放線菌來源雷帕黴素生物閤成基因簇.利用Mummer和Mauve軟件對N902-109和已公佈的遊動放線菌屬Actinoplanes SE50/1 1 0和Actinoplanesmissouriensis 431兩株菌株全基因組進行比較分析.通過Actinoplanessp.N902-109基因註釋和比較基因組學分析,在全基因組水平上瞭解Actinoplanes sp.N902-109的遺傳物質基礎,為開展Actinoplanessp.N902-109的代謝調控研究和遺傳重組改造奠定基礎.
Actinoplanes sp.N902-109시계흡수련매균ATCC292953후분리적제이주능구산생뢰파매소적방선균.채용Roche 454GS FLX측서기술화Sanger법PCR측서기술,아문수차완성료Actinoplanes sp.N902-109전기인조서렬측정.Actinoplanes sp.N902-109기인조위배상,장도위9228054bp,GC함량71.3％,편마8212개단백,기중5460개편마단백피주석유명학적생물학공능.응용AntiSMASH화NRPS predictor연건예측기인조중존재22개차급대사생물합성기인족,포함수차감정적완정적유동방선균래원뢰파매소생물합성기인족.이용Mummer화Mauve연건대N902-109화이공포적유동방선균속Actinoplanes SE50/1 1 0화Actinoplanesmissouriensis 431량주균주전기인조진행비교분석.통과Actinoplanessp.N902-109기인주석화비교기인조학분석,재전기인조수평상료해Actinoplanes sp.N902-109적유전물질기출,위개전Actinoplanessp.N902-109적대사조공연구화유전중조개조전정기출.
