中国抗生素杂志
中國抗生素雜誌
중국항생소잡지
CHINESE JOURNAL OF ANTIBIOTICS
2015年
3期
234-240
,共7页
赵晨%夏春光%于敏%潘月%王辂
趙晨%夏春光%于敏%潘月%王輅
조신%하춘광%우민%반월%왕로
药物设计%分子对接%虚拟筛选%蛋白质
藥物設計%分子對接%虛擬篩選%蛋白質
약물설계%분자대접%허의사선%단백질
Drug design%Molecule docking%Virtual screening%Protein
近10年来,随着X-射线晶体学和高通量测序等技术的不断发展,越来越多的蛋白晶体结构得到确证,其相应的基因信息也随之公布.蛋白质等生物大分子结构和功能信息的“井喷”,产生了愈来愈多的药物靶标,加之计算科学的蓬勃发展亦极大地促进了分子对接和虚拟筛选技术在药物设计领域的应用推广.如今,计算技术已成为药物设计领域的重要手段之一,通过计算机模拟的分子对接运算,研究人员能快速准确地描述药物与靶标间的相互作用,从而缩短了药物研发周期.本文简要介绍了分子对接化学机理、分子表征方法以及3种分子对接机制.同时着重介绍了一些在药物设计中广泛使用的分子对接软件,包括AutoDock、SLIDE、DOCK以及AutoDock Vina.这些软件分别采用不同的搜索算法以及打分函数,但其功能较为相似且囊括了分子对接领域的最近研究进展.为了使分子对接过程更为方便快捷,研究者们不断更新计算技术,推出各种图形分析工具.最后,以G蛋白偶联受体和蛋白激酶为例,简要说明分子对接及虚拟筛选领域的部分研究成果.
近10年來,隨著X-射線晶體學和高通量測序等技術的不斷髮展,越來越多的蛋白晶體結構得到確證,其相應的基因信息也隨之公佈.蛋白質等生物大分子結構和功能信息的“井噴”,產生瞭愈來愈多的藥物靶標,加之計算科學的蓬勃髮展亦極大地促進瞭分子對接和虛擬篩選技術在藥物設計領域的應用推廣.如今,計算技術已成為藥物設計領域的重要手段之一,通過計算機模擬的分子對接運算,研究人員能快速準確地描述藥物與靶標間的相互作用,從而縮短瞭藥物研髮週期.本文簡要介紹瞭分子對接化學機理、分子錶徵方法以及3種分子對接機製.同時著重介紹瞭一些在藥物設計中廣汎使用的分子對接軟件,包括AutoDock、SLIDE、DOCK以及AutoDock Vina.這些軟件分彆採用不同的搜索算法以及打分函數,但其功能較為相似且囊括瞭分子對接領域的最近研究進展.為瞭使分子對接過程更為方便快捷,研究者們不斷更新計算技術,推齣各種圖形分析工具.最後,以G蛋白偶聯受體和蛋白激酶為例,簡要說明分子對接及虛擬篩選領域的部分研究成果.
근10년래,수착X-사선정체학화고통량측서등기술적불단발전,월래월다적단백정체결구득도학증,기상응적기인신식야수지공포.단백질등생물대분자결구화공능신식적“정분”,산생료유래유다적약물파표,가지계산과학적봉발발전역겁대지촉진료분자대접화허의사선기술재약물설계영역적응용추엄.여금,계산기술이성위약물설계영역적중요수단지일,통과계산궤모의적분자대접운산,연구인원능쾌속준학지묘술약물여파표간적상호작용,종이축단료약물연발주기.본문간요개소료분자대접화학궤리、분자표정방법이급3충분자대접궤제.동시착중개소료일사재약물설계중엄범사용적분자대접연건,포괄AutoDock、SLIDE、DOCK이급AutoDock Vina.저사연건분별채용불동적수색산법이급타분함수,단기공능교위상사차낭괄료분자대접영역적최근연구진전.위료사분자대접과정경위방편쾌첩,연구자문불단경신계산기술,추출각충도형분석공구.최후,이G단백우련수체화단백격매위례,간요설명분자대접급허의사선영역적부분연구성과.