国际免疫学杂志
國際免疫學雜誌
국제면역학잡지
INTERNATIONAL JOURNAL OF IMMUNOLOGY
2015年
1期
5-8,39
,共5页
董彩博%潘新灵%孙高翔%崔佳奕%凌虹%李迪
董綵博%潘新靈%孫高翔%崔佳奕%凌虹%李迪
동채박%반신령%손고상%최가혁%릉홍%리적
结核分枝杆菌%北京家族菌株%多位点可变数目串联重复序列%多态性
結覈分枝桿菌%北京傢族菌株%多位點可變數目串聯重複序列%多態性
결핵분지간균%북경가족균주%다위점가변수목천련중복서렬%다태성
Mycobacterium tuberculosis%Beijing family genotype%Mycobacterial interspersed repetitive units-variable-number tandem repeat%Diversity
目的 探讨多态性相同的位点对北京家族结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列(MIRU-VNTR)基因分型的影响,为合理选择分型位点提供科学依据.方法 分别选取9个及12个位点,构成4组MIRU-VNTR位点组合,其中,9位点组成的两个组合中,分别有两个不同位点(MIRU40/MIRU16)多态性一致,其余为相同位点;12位点的两个组合则分别包括另外两个多态性相同的位点(MIRU39/MIRU31).进行聚类分析,比较含有相同多态性的不同位点组合的分辨能力、成簇能力以及基因型特点.结果 9位点两个组合都将菌株分为三群,其中,Ⅲ群菌株仅有1株相同,分别占组合1、2的2.0％和1.6％.12位点组合也将菌株分为三群,第Ⅱ群菌株组成差异非常明显,完全没有相同的菌株.结论 多态性相同的位点对北京家族菌株MIRU-VNTR基因分型影响较大.在选择MIRU-VNTR分型位点时,应不仅仅检验位点的分辨能力和对成簇的影响,还应考虑有相同/相近多态性的位点对基因型构成的影响.
目的 探討多態性相同的位點對北京傢族結覈分枝桿菌多位點可變數目串聯重複序列(MIRU-VNTR)基因分型的影響,為閤理選擇分型位點提供科學依據.方法 分彆選取9箇及12箇位點,構成4組MIRU-VNTR位點組閤,其中,9位點組成的兩箇組閤中,分彆有兩箇不同位點(MIRU40/MIRU16)多態性一緻,其餘為相同位點;12位點的兩箇組閤則分彆包括另外兩箇多態性相同的位點(MIRU39/MIRU31).進行聚類分析,比較含有相同多態性的不同位點組閤的分辨能力、成簇能力以及基因型特點.結果 9位點兩箇組閤都將菌株分為三群,其中,Ⅲ群菌株僅有1株相同,分彆佔組閤1、2的2.0％和1.6％.12位點組閤也將菌株分為三群,第Ⅱ群菌株組成差異非常明顯,完全沒有相同的菌株.結論 多態性相同的位點對北京傢族菌株MIRU-VNTR基因分型影響較大.在選擇MIRU-VNTR分型位點時,應不僅僅檢驗位點的分辨能力和對成簇的影響,還應攷慮有相同/相近多態性的位點對基因型構成的影響.
목적 탐토다태성상동적위점대북경가족결핵분지간균다위점가변수목천련중복서렬(MIRU-VNTR)기인분형적영향,위합리선택분형위점제공과학의거.방법 분별선취9개급12개위점,구성4조MIRU-VNTR위점조합,기중,9위점조성적량개조합중,분별유량개불동위점(MIRU40/MIRU16)다태성일치,기여위상동위점;12위점적량개조합칙분별포괄령외량개다태성상동적위점(MIRU39/MIRU31).진행취류분석,비교함유상동다태성적불동위점조합적분변능력、성족능력이급기인형특점.결과 9위점량개조합도장균주분위삼군,기중,Ⅲ군균주부유1주상동,분별점조합1、2적2.0％화1.6％.12위점조합야장균주분위삼군,제Ⅱ군균주조성차이비상명현,완전몰유상동적균주.결론 다태성상동적위점대북경가족균주MIRU-VNTR기인분형영향교대.재선택MIRU-VNTR분형위점시,응불부부검험위점적분변능력화대성족적영향,환응고필유상동/상근다태성적위점대기인형구성적영향.
Qbjective To investigate the effects on mycobacterial interspersed repetitive units-variablenumber tandem repeat(MIRU-VNTR) genotyping of loci with same allelic diversity in Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains.Method R 2.9.1 software was used to construct phylogenetic tree based on two 9 and two 12 MIRU-VNTR loci combinations which have the same loci except MIRU40/MIRU16 and MIRU39/ MIRU31 respectively.The Hnnter-Gaston index,cluster rate and the characteristic of genotype were analyzed of two combinations.Results The phylogenetic tree based on the two 9 loci combination can be both divided into three groups.There is only one identical strain in group Ⅲ which accounts for 2.0％ and 1.6％ in the two 9 loci combinations,respectively.The phylogenetic tree based on the two 9 loci combination can be also devided into three groups.There is no identical strain in the three groups of the two 12 loci combinations.Conclusion Loci with the same allelic diversity have significant effects on MIRU-VNTR genotyping of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains.The effects on genotyping of loci that have the same or similar allelic diversity should also be considered besides the Hunter-Gaston index and cluster rate.
