基础医学与临床
基礎醫學與臨床
기출의학여림상
BASIC MEDICAL SCIENCES AND CLINICS
2015年
5期
632-636
,共5页
王瑞雨%张靖%朱丽媛%彭小忠
王瑞雨%張靖%硃麗媛%彭小忠
왕서우%장정%주려원%팽소충
UCR%小鼠大脑发育%T-uc.62
UCR%小鼠大腦髮育%T-uc.62
UCR%소서대뇌발육%T-uc.62
UCR%mouse brain development%T-uc.62
目的 选择小鼠大脑皮层胚胎发育阶段转录的一类非编码RNA,即基因间区的T-UCRs作为研究对象,探究小鼠基因组上基因间超保守区域的转录活性.方法 1)利用UCSC数据库(NCBI37/mm9)通过生物信息学预测筛选在小鼠14.5d胎脑中可能表达的基因间UCR;2)Coding Potential Assessment Tool(CPAT)和Coding Potential Caculator(CPC)对筛选结果进行编码能力预测;3)RT-PCR对筛选结果进行验证;4)Real-time PCR分析T-uc.62在不同组织中的表达差异以及在小鼠不同发育阶段脑组织中的表达变化.结果 1)通过UCSC网站上的RNA-seq数据库筛选得到16个可能在小鼠E14.5脑组织中表达的基因间UCRs;2)通过CPAT和CPC分析,16个UCRs均不具有蛋白编码能力,提示可能是非编码RNA;3)经过RT-PCR验证发现有15个是可以表达的;4)以T-uc.62为例,其主要在小鼠发育阶段的脑组织中高表达,而在小鼠的成年组织中低表达甚至不表达.结论 基因间超保守区域可以转录生成长非编码RNA,其中,T-uc.62主要在小鼠发育阶段的脑组织中高表达;其可能在大脑发育过程中发挥重要功能.
目的 選擇小鼠大腦皮層胚胎髮育階段轉錄的一類非編碼RNA,即基因間區的T-UCRs作為研究對象,探究小鼠基因組上基因間超保守區域的轉錄活性.方法 1)利用UCSC數據庫(NCBI37/mm9)通過生物信息學預測篩選在小鼠14.5d胎腦中可能錶達的基因間UCR;2)Coding Potential Assessment Tool(CPAT)和Coding Potential Caculator(CPC)對篩選結果進行編碼能力預測;3)RT-PCR對篩選結果進行驗證;4)Real-time PCR分析T-uc.62在不同組織中的錶達差異以及在小鼠不同髮育階段腦組織中的錶達變化.結果 1)通過UCSC網站上的RNA-seq數據庫篩選得到16箇可能在小鼠E14.5腦組織中錶達的基因間UCRs;2)通過CPAT和CPC分析,16箇UCRs均不具有蛋白編碼能力,提示可能是非編碼RNA;3)經過RT-PCR驗證髮現有15箇是可以錶達的;4)以T-uc.62為例,其主要在小鼠髮育階段的腦組織中高錶達,而在小鼠的成年組織中低錶達甚至不錶達.結論 基因間超保守區域可以轉錄生成長非編碼RNA,其中,T-uc.62主要在小鼠髮育階段的腦組織中高錶達;其可能在大腦髮育過程中髮揮重要功能.
목적 선택소서대뇌피층배태발육계단전록적일류비편마RNA,즉기인간구적T-UCRs작위연구대상,탐구소서기인조상기인간초보수구역적전록활성.방법 1)이용UCSC수거고(NCBI37/mm9)통과생물신식학예측사선재소서14.5d태뇌중가능표체적기인간UCR;2)Coding Potential Assessment Tool(CPAT)화Coding Potential Caculator(CPC)대사선결과진행편마능력예측;3)RT-PCR대사선결과진행험증;4)Real-time PCR분석T-uc.62재불동조직중적표체차이이급재소서불동발육계단뇌조직중적표체변화.결과 1)통과UCSC망참상적RNA-seq수거고사선득도16개가능재소서E14.5뇌조직중표체적기인간UCRs;2)통과CPAT화CPC분석,16개UCRs균불구유단백편마능력,제시가능시비편마RNA;3)경과RT-PCR험증발현유15개시가이표체적;4)이T-uc.62위례,기주요재소서발육계단적뇌조직중고표체,이재소서적성년조직중저표체심지불표체.결론 기인간초보수구역가이전록생성장비편마RNA,기중,T-uc.62주요재소서발육계단적뇌조직중고표체;기가능재대뇌발육과정중발휘중요공능.
