中国油料作物学报
中國油料作物學報
중국유료작물학보
CHINESE JOURNAL OF OIL CROP SCIENCES
2015年
2期
148-153
,共6页
黄赛花%袁瑗%王成坤%任锐%何卓伟%智海剑
黃賽花%袁瑗%王成坤%任銳%何卓偉%智海劍
황새화%원원%왕성곤%임예%하탁위%지해검
大豆花叶病毒%CP基因%密码子偏好性
大豆花葉病毒%CP基因%密碼子偏好性
대두화협병독%CP기인%밀마자편호성
Soybean mosaic virus%CP gene%Codon bias
大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)外壳蛋白(coat protein,CP)是SMV基因组的结构蛋白,在SMV侵染大豆的过程中发挥着重要的作用.运用CUSP和CodonW等软件分析了大豆花叶病毒外壳蛋白的密码子的偏性,并与SMV基因组的密码子偏性进行了比较.结果表明,SMV CP偏好于以A/T结尾的密码子;与SMV基因组密码子偏性相比,发现只有8种氨基酸密码子偏性完全一致.ENC与GC3的相关性分析结果显示,CP的密码子使用偏好性受碱基组成等多种因素共同影响.聚类分析显示基于基因CDS序列的聚类结果与基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类结果基本一致.通过分析CP密码子使用特性,为进一步研究其功能奠定基础.
大豆花葉病毒(soybean mosaic virus,SMV)外殼蛋白(coat protein,CP)是SMV基因組的結構蛋白,在SMV侵染大豆的過程中髮揮著重要的作用.運用CUSP和CodonW等軟件分析瞭大豆花葉病毒外殼蛋白的密碼子的偏性,併與SMV基因組的密碼子偏性進行瞭比較.結果錶明,SMV CP偏好于以A/T結尾的密碼子;與SMV基因組密碼子偏性相比,髮現隻有8種氨基痠密碼子偏性完全一緻.ENC與GC3的相關性分析結果顯示,CP的密碼子使用偏好性受堿基組成等多種因素共同影響.聚類分析顯示基于基因CDS序列的聚類結果與基于密碼子偏性參數相對密碼子使用度(RSCU)的聚類結果基本一緻.通過分析CP密碼子使用特性,為進一步研究其功能奠定基礎.
대두화협병독(soybean mosaic virus,SMV)외각단백(coat protein,CP)시SMV기인조적결구단백,재SMV침염대두적과정중발휘착중요적작용.운용CUSP화CodonW등연건분석료대두화협병독외각단백적밀마자적편성,병여SMV기인조적밀마자편성진행료비교.결과표명,SMV CP편호우이A/T결미적밀마자;여SMV기인조밀마자편성상비,발현지유8충안기산밀마자편성완전일치.ENC여GC3적상관성분석결과현시,CP적밀마자사용편호성수감기조성등다충인소공동영향.취류분석현시기우기인CDS서렬적취류결과여기우밀마자편성삼수상대밀마자사용도(RSCU)적취류결과기본일치.통과분석CP밀마자사용특성,위진일보연구기공능전정기출.
