中国烟草学报
中國煙草學報
중국연초학보
ACTA TABACARIA SINICA
2015年
3期
107-110
,共4页
王浩军%王芳%姚忠达%郭东锋%舒俊生
王浩軍%王芳%姚忠達%郭東鋒%舒俊生
왕호군%왕방%요충체%곽동봉%서준생
高通量测序%小干扰RNA%病毒检测
高通量測序%小榦擾RNA%病毒檢測
고통량측서%소간우RNA%병독검측
high throughput sequencing%small interference RNA%virus detection
:植物可以利用小干扰RNA(siRNA)机制干扰体内RNA 病毒的增殖,从而获得对该病毒的免疫能力。为了快速检测田间烟草病毒病种类和发现烟草新病毒,本文通过第二代测序技术对烟草的小RNA 进行高通量测序,利用软件velvet version 1.1.06对测得的短序列进行组装,再通过生物信息学方法将得到的重叠群进行数据库比对寻找其中的病毒序列。研究结果得出我国安徽皖南烟区烟草存在PVY、CMV、TMV 和TVBMV 等RNA 病毒。检测到3个重叠群与Potato leafroll virus 部分同源,同源性低于90%,疑似一种烟草新病毒。至此建立了检测烟草病毒和发现新病毒的一种新方法,可用于大田烟草病毒的本底调查。
:植物可以利用小榦擾RNA(siRNA)機製榦擾體內RNA 病毒的增殖,從而穫得對該病毒的免疫能力。為瞭快速檢測田間煙草病毒病種類和髮現煙草新病毒,本文通過第二代測序技術對煙草的小RNA 進行高通量測序,利用軟件velvet version 1.1.06對測得的短序列進行組裝,再通過生物信息學方法將得到的重疊群進行數據庫比對尋找其中的病毒序列。研究結果得齣我國安徽皖南煙區煙草存在PVY、CMV、TMV 和TVBMV 等RNA 病毒。檢測到3箇重疊群與Potato leafroll virus 部分同源,同源性低于90%,疑似一種煙草新病毒。至此建立瞭檢測煙草病毒和髮現新病毒的一種新方法,可用于大田煙草病毒的本底調查。
:식물가이이용소간우RNA(siRNA)궤제간우체내RNA 병독적증식,종이획득대해병독적면역능력。위료쾌속검측전간연초병독병충류화발현연초신병독,본문통과제이대측서기술대연초적소RNA 진행고통량측서,이용연건velvet version 1.1.06대측득적단서렬진행조장,재통과생물신식학방법장득도적중첩군진행수거고비대심조기중적병독서렬。연구결과득출아국안휘환남연구연초존재PVY、CMV、TMV 화TVBMV 등RNA 병독。검측도3개중첩군여Potato leafroll virus 부분동원,동원성저우90%,의사일충연초신병독。지차건립료검측연초병독화발현신병독적일충신방법,가용우대전연초병독적본저조사。
Quick detection of tobacco virus strains and identification of new virus were achieved through 2nd generation sequencing technique to perform high throughput sequencing of tobacco siRNA and then screening for RNA virus sequences with bioinformatics methods. Results showed that PVY, CMV, TMV, TVBMV and other virus genomic information were detected in southern part of Anhui tobacco growing areas. Three contigs were identified as partly homologous withPotatoleafroll virus, which might be a novel tobacco virus. This research established a new strategy to determine naturally occurred RNA viruses and novel virus in tobacco, and could be applied to virus surveillance in tobacco.