林业科学研究
林業科學研究
임업과학연구
FOREST RESEARCH
2015年
3期
303-310
,共8页
易敏%张守攻%谢允慧%孙晓梅
易敏%張守攻%謝允慧%孫曉梅
역민%장수공%사윤혜%손효매
日本落叶松%纤维素合酶基因%基因克隆%单核苷酸多态性
日本落葉鬆%纖維素閤酶基因%基因剋隆%單覈苷痠多態性
일본락협송%섬유소합매기인%기인극륭%단핵감산다태성
Larix kaempferi%cellulose synthase%gene cloning%single nucleotide polymorphism
[目的]纤维素合酶(cellulose synthase,CesA)在植物纤维素合成途径中发挥主要调节作用,是控制木材纤维品质和产量的重要基因.从日本落叶松中分离克隆与纤维素合成相关的LkCesA基因,并对其进行核苷酸多样性以及连锁不平衡分析,为在日本落叶松中开展基于LkCesA基因的连锁不平衡作图及其辅助日本落叶松木材纤维性状的分子育种提供理论依据.[方法]依据日本落叶松转录组数据库检测到的纤维素合酶(CesA)基因ESTs序列设计引物,从日本落叶松中分离获得LkCesA基因片段.在此基础上,利用DnaSP5.0软件对日本落叶松40株基因型个体的LkCesA序列进行核苷酸多样性和连锁不平衡分析.[结果]从日本落叶松中成功克隆了CesA基因片段:该片段长1 209 bp,包含部分开放阅读框,长度为1 053 bp,可编码350个氨基酸,所推导的蛋白质氨基酸序列与火炬松Pt-CesA2的蛋白质氨基酸序列同源性为95.4％.在日本落叶松40株基因型个体的LkCesA序列中共检测到83个SNP位点,SNP发生频率为1/21 bp,多样性指数πT为0.006 05.在这些SNPs中,69个属于转换,14个属于颠换,其中19个为常见SNPs,64个为罕见SNPs.在外显子区域,共检测到54个SNP位点,其中34个为错义突变,20个为同义突变.进一步的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的增加,SNP连锁不平衡程度逐渐减弱.[结论]克隆到的LkCesA为植物CesA基因家族中的一员.LkCesA基因的连锁不平衡在基因内部就已衰退,说明选择该基因作为候选基因,在日本落叶松中开展连锁不平衡作图用于指导日本落叶松的定向培育及木材品质改良是可行的.此外,在LkCesA基因中检测到多个常见SNP位点,为进一步开展该基因的连锁不平衡作图提供了材料.
[目的]纖維素閤酶(cellulose synthase,CesA)在植物纖維素閤成途徑中髮揮主要調節作用,是控製木材纖維品質和產量的重要基因.從日本落葉鬆中分離剋隆與纖維素閤成相關的LkCesA基因,併對其進行覈苷痠多樣性以及連鎖不平衡分析,為在日本落葉鬆中開展基于LkCesA基因的連鎖不平衡作圖及其輔助日本落葉鬆木材纖維性狀的分子育種提供理論依據.[方法]依據日本落葉鬆轉錄組數據庫檢測到的纖維素閤酶(CesA)基因ESTs序列設計引物,從日本落葉鬆中分離穫得LkCesA基因片段.在此基礎上,利用DnaSP5.0軟件對日本落葉鬆40株基因型箇體的LkCesA序列進行覈苷痠多樣性和連鎖不平衡分析.[結果]從日本落葉鬆中成功剋隆瞭CesA基因片段:該片段長1 209 bp,包含部分開放閱讀框,長度為1 053 bp,可編碼350箇氨基痠,所推導的蛋白質氨基痠序列與火炬鬆Pt-CesA2的蛋白質氨基痠序列同源性為95.4％.在日本落葉鬆40株基因型箇體的LkCesA序列中共檢測到83箇SNP位點,SNP髮生頻率為1/21 bp,多樣性指數πT為0.006 05.在這些SNPs中,69箇屬于轉換,14箇屬于顛換,其中19箇為常見SNPs,64箇為罕見SNPs.在外顯子區域,共檢測到54箇SNP位點,其中34箇為錯義突變,20箇為同義突變.進一步的連鎖不平衡分析顯示,隨著覈苷痠序列長度的增加,SNP連鎖不平衡程度逐漸減弱.[結論]剋隆到的LkCesA為植物CesA基因傢族中的一員.LkCesA基因的連鎖不平衡在基因內部就已衰退,說明選擇該基因作為候選基因,在日本落葉鬆中開展連鎖不平衡作圖用于指導日本落葉鬆的定嚮培育及木材品質改良是可行的.此外,在LkCesA基因中檢測到多箇常見SNP位點,為進一步開展該基因的連鎖不平衡作圖提供瞭材料.
[목적]섬유소합매(cellulose synthase,CesA)재식물섬유소합성도경중발휘주요조절작용,시공제목재섬유품질화산량적중요기인.종일본락협송중분리극륭여섬유소합성상관적LkCesA기인,병대기진행핵감산다양성이급련쇄불평형분석,위재일본락협송중개전기우LkCesA기인적련쇄불평형작도급기보조일본락협송목재섬유성상적분자육충제공이론의거.[방법]의거일본락협송전록조수거고검측도적섬유소합매(CesA)기인ESTs서렬설계인물,종일본락협송중분리획득LkCesA기인편단.재차기출상,이용DnaSP5.0연건대일본락협송40주기인형개체적LkCesA서렬진행핵감산다양성화련쇄불평형분석.[결과]종일본락협송중성공극륭료CesA기인편단:해편단장1 209 bp,포함부분개방열독광,장도위1 053 bp,가편마350개안기산,소추도적단백질안기산서렬여화거송Pt-CesA2적단백질안기산서렬동원성위95.4％.재일본락협송40주기인형개체적LkCesA서렬중공검측도83개SNP위점,SNP발생빈솔위1/21 bp,다양성지수πT위0.006 05.재저사SNPs중,69개속우전환,14개속우전환,기중19개위상견SNPs,64개위한견SNPs.재외현자구역,공검측도54개SNP위점,기중34개위착의돌변,20개위동의돌변.진일보적련쇄불평형분석현시,수착핵감산서렬장도적증가,SNP련쇄불평형정도축점감약.[결론]극륭도적LkCesA위식물CesA기인가족중적일원.LkCesA기인적련쇄불평형재기인내부취이쇠퇴,설명선택해기인작위후선기인,재일본락협송중개전련쇄불평형작도용우지도일본락협송적정향배육급목재품질개량시가행적.차외,재LkCesA기인중검측도다개상견SNP위점,위진일보개전해기인적련쇄불평형작도제공료재료.
