高技术通讯
高技術通訊
고기술통신
HIGH TECHNOLOGY LETTERS
2015年
3期
219-227
,共9页
复制%丢失%两物种小系统发育问题%序列对比%遗传算法
複製%丟失%兩物種小繫統髮育問題%序列對比%遺傳算法
복제%주실%량물충소계통발육문제%서렬대비%유전산법
duplication%loss%two-species small phylogeny problem%alignment%genetic algorithm
基于复制-丢失比对(DLA)问题模型,研究了复制-丢失(D-L)演化模型下两物种(2-species)小系统发育问题(SPP),缩写为2-SPP-DL问题.通过引入比对算法、标记算法及3种智能变异算子,提出了求解2-SPP-DL问题的遗传算法——G2SP算法.G2SP算法采用普通算子和智能算子相结合的方式,普通算子能有效地保持种群的多样性,而智能算子则能提高种群的收敛性,使其更快地进化到最优解区域.利用4种真实菌属的tRNA和rRNA基因数据对算法性能进行测试,实验结果表明,G2SP算法能够获得较PBLP算法更小的进化代价,是求解2-SPP-DL问题的一种有效方法.
基于複製-丟失比對(DLA)問題模型,研究瞭複製-丟失(D-L)縯化模型下兩物種(2-species)小繫統髮育問題(SPP),縮寫為2-SPP-DL問題.通過引入比對算法、標記算法及3種智能變異算子,提齣瞭求解2-SPP-DL問題的遺傳算法——G2SP算法.G2SP算法採用普通算子和智能算子相結閤的方式,普通算子能有效地保持種群的多樣性,而智能算子則能提高種群的收斂性,使其更快地進化到最優解區域.利用4種真實菌屬的tRNA和rRNA基因數據對算法性能進行測試,實驗結果錶明,G2SP算法能夠穫得較PBLP算法更小的進化代價,是求解2-SPP-DL問題的一種有效方法.
기우복제-주실비대(DLA)문제모형,연구료복제-주실(D-L)연화모형하량물충(2-species)소계통발육문제(SPP),축사위2-SPP-DL문제.통과인입비대산법、표기산법급3충지능변이산자,제출료구해2-SPP-DL문제적유전산법——G2SP산법.G2SP산법채용보통산자화지능산자상결합적방식,보통산자능유효지보지충군적다양성,이지능산자칙능제고충군적수렴성,사기경쾌지진화도최우해구역.이용4충진실균속적tRNA화rRNA기인수거대산법성능진행측시,실험결과표명,G2SP산법능구획득교PBLP산법경소적진화대개,시구해2-SPP-DL문제적일충유효방법.
