福建农林大学学报（自然科学版）
福建農林大學學報（自然科學版）
복건농림대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF FUJIAN AGRICULTURE AND FORESTRY UNIVERSITY(NATURAL SCIENCE EDITION)
2015年
4期
442-448
,共7页
Smith-Waterman算法%并行前缀扫描%通用图形处理器%序列比对
Smith-Waterman算法%併行前綴掃描%通用圖形處理器%序列比對
Smith-Waterman산법%병행전철소묘%통용도형처리기%서렬비대
Smith-Waterman algorithm%parallel prefix scan%graphics processing unit%sequences alignment
对Smith-Waterman算法的计算公式进行了改进以适应GPU并行的特点,并提出新的基于BLOCK分块的并行前缀扫描法;通过UP-DOWN步骤、BLOCK间调整、Eij微调等步骤在O(logn)时间内计算出行中每一个元素的前缀最大值;最后将回溯过程置于GPU端,避免了CPU与GPU间内存的拷贝.与传统的Smith-Waterman算法相比,该算法在低端的GPU平台性能提升90倍;与同样基于GPU的SWAT算法相比,性能也有较大的提升.
對Smith-Waterman算法的計算公式進行瞭改進以適應GPU併行的特點,併提齣新的基于BLOCK分塊的併行前綴掃描法;通過UP-DOWN步驟、BLOCK間調整、Eij微調等步驟在O(logn)時間內計算齣行中每一箇元素的前綴最大值;最後將迴溯過程置于GPU耑,避免瞭CPU與GPU間內存的拷貝.與傳統的Smith-Waterman算法相比,該算法在低耑的GPU平檯性能提升90倍;與同樣基于GPU的SWAT算法相比,性能也有較大的提升.
대Smith-Waterman산법적계산공식진행료개진이괄응GPU병행적특점,병제출신적기우BLOCK분괴적병행전철소묘법;통과UP-DOWN보취、BLOCK간조정、Eij미조등보취재O(logn)시간내계산출행중매일개원소적전철최대치;최후장회소과정치우GPU단,피면료CPU여GPU간내존적고패.여전통적Smith-Waterman산법상비,해산법재저단적GPU평태성능제승90배;여동양기우GPU적SWAT산법상비,성능야유교대적제승.
