遗传
遺傳
유전
HEREDITAS(BEIJING)
2015年
7期
702-710
,共9页
方翔%李宁求%付小哲%李凯彬%林强%刘礼辉%石存斌%吴淑勤
方翔%李寧求%付小哲%李凱彬%林彊%劉禮輝%石存斌%吳淑勤
방상%리저구%부소철%리개빈%림강%류례휘%석존빈%오숙근
生物信息学%天河二号%水产病原
生物信息學%天河二號%水產病原
생물신식학%천하이호%수산병원
bioinformatics%MilkyWay-2%aquatic pathogen
作为生命科学的关键组成,生物信息学已被广泛地应用于基因组学、转录组学和蛋白质组学中.然而,生物信息分析平台的构建需要高性能计算机而非普通的个人电脑,从而极大地限制了生物信息学在水产科学中的应用.本研究基于“天河二号”超级计算机,构建了水产病原生物信息分析平台.该平台由基因组与转录组测序数据分析、蛋白质结构预测和分子动力学模拟3个功能模块组成.为了验证该平台的实用性,以水生动物病原微生物为例进行了生物信息学分析.通过Blast检索、GO和InterPro注释,鉴定了约氏黄杆菌(Flavobacterium johnsoniae)M168株的功能基因并对其进行了注释.通过同源模建,构建了草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)HZ-08的5个小节段的蛋白结构模型.对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)外膜蛋白A进行了分子动力学模拟,并观察了平衡过程中系统温度、总能量、均方根偏差和环区构象的变化.以上结果均显示本研究成功建立了在“天河二号”超级计算机上运行的水产病原生物信息分析平台.此项研究将为其他学科生物信息分析平台的构建提供思路和线索.
作為生命科學的關鍵組成,生物信息學已被廣汎地應用于基因組學、轉錄組學和蛋白質組學中.然而,生物信息分析平檯的構建需要高性能計算機而非普通的箇人電腦,從而極大地限製瞭生物信息學在水產科學中的應用.本研究基于“天河二號”超級計算機,構建瞭水產病原生物信息分析平檯.該平檯由基因組與轉錄組測序數據分析、蛋白質結構預測和分子動力學模擬3箇功能模塊組成.為瞭驗證該平檯的實用性,以水生動物病原微生物為例進行瞭生物信息學分析.通過Blast檢索、GO和InterPro註釋,鑒定瞭約氏黃桿菌(Flavobacterium johnsoniae)M168株的功能基因併對其進行瞭註釋.通過同源模建,構建瞭草魚呼腸孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)HZ-08的5箇小節段的蛋白結構模型.對嗜水氣單胞菌(Aeromonas hydrophila)外膜蛋白A進行瞭分子動力學模擬,併觀察瞭平衡過程中繫統溫度、總能量、均方根偏差和環區構象的變化.以上結果均顯示本研究成功建立瞭在“天河二號”超級計算機上運行的水產病原生物信息分析平檯.此項研究將為其他學科生物信息分析平檯的構建提供思路和線索.
작위생명과학적관건조성,생물신식학이피엄범지응용우기인조학、전록조학화단백질조학중.연이,생물신식분석평태적구건수요고성능계산궤이비보통적개인전뇌,종이겁대지한제료생물신식학재수산과학중적응용.본연구기우“천하이호”초급계산궤,구건료수산병원생물신식분석평태.해평태유기인조여전록조측서수거분석、단백질결구예측화분자동역학모의3개공능모괴조성.위료험증해평태적실용성,이수생동물병원미생물위례진행료생물신식학분석.통과Blast검색、GO화InterPro주석,감정료약씨황간균(Flavobacterium johnsoniae)M168주적공능기인병대기진행료주석.통과동원모건,구건료초어호장고병독(Grass carp reovirus,GCRV)HZ-08적5개소절단적단백결구모형.대기수기단포균(Aeromonas hydrophila)외막단백A진행료분자동역학모의,병관찰료평형과정중계통온도、총능량、균방근편차화배구구상적변화.이상결과균현시본연구성공건립료재“천하이호”초급계산궤상운행적수산병원생물신식분석평태.차항연구장위기타학과생물신식분석평태적구건제공사로화선색.
