化学与生物工程
化學與生物工程
화학여생물공정
CHEMISTRY & BIOENGINEERING
2015年
8期
43-47
,共5页
杨晓萌%张青瑞%张凯%彭家瑶
楊曉萌%張青瑞%張凱%彭傢瑤
양효맹%장청서%장개%팽가요
克雷伯氏杆菌%代谢灵活性%通量平衡分析%通量可变性分析%COBRA Toolbox
剋雷伯氏桿菌%代謝靈活性%通量平衡分析%通量可變性分析%COBRA Toolbox
극뢰백씨간균%대사령활성%통량평형분석%통량가변성분석%COBRA Toolbox
Klebsiella pneumoniae%metabolic flexibility%flux balance analysis%flux variability analysis%CO-BRA Toolbox
微生物对外界环境的变化具有灵活的适应性,通过代谢网络的通量可变性分析可以对代谢灵活性进行量化,得到影响菌体代谢灵活性的因素。使用代谢流分析软件 COBRA Toolbox,对克雷伯氏杆菌基因组尺度代谢网络进行通量平衡分析与通量可变性分析,分别得到内部反应的可变性、交换反应的可变性和生长速率的可变性等3个因素对菌体代谢灵活性的影响程度,其中生长速率的可变性是影响代谢灵活性的主要因素,调控菌体至次优模式下生长可使其具有更大的代谢灵活性。通过进一步研究生长速率对通量可变性的影响,找到提高代谢灵活性的两个必要条件,从而增强菌体应对外界环境改变的能力。
微生物對外界環境的變化具有靈活的適應性,通過代謝網絡的通量可變性分析可以對代謝靈活性進行量化,得到影響菌體代謝靈活性的因素。使用代謝流分析軟件 COBRA Toolbox,對剋雷伯氏桿菌基因組呎度代謝網絡進行通量平衡分析與通量可變性分析,分彆得到內部反應的可變性、交換反應的可變性和生長速率的可變性等3箇因素對菌體代謝靈活性的影響程度,其中生長速率的可變性是影響代謝靈活性的主要因素,調控菌體至次優模式下生長可使其具有更大的代謝靈活性。通過進一步研究生長速率對通量可變性的影響,找到提高代謝靈活性的兩箇必要條件,從而增彊菌體應對外界環境改變的能力。
미생물대외계배경적변화구유령활적괄응성,통과대사망락적통량가변성분석가이대대사령활성진행양화,득도영향균체대사령활성적인소。사용대사류분석연건 COBRA Toolbox,대극뢰백씨간균기인조척도대사망락진행통량평형분석여통량가변성분석,분별득도내부반응적가변성、교환반응적가변성화생장속솔적가변성등3개인소대균체대사령활성적영향정도,기중생장속솔적가변성시영향대사령활성적주요인소,조공균체지차우모식하생장가사기구유경대적대사령활성。통과진일보연구생장속솔대통량가변성적영향,조도제고대사령활성적량개필요조건,종이증강균체응대외계배경개변적능력。
Microorganisms can make flexible adaptability in response to the external changing environment. Metabolic flexibility can be quantified through flux variability analysis so as to find the factors affecting meta-bolic flexibility.In this work,flux balance analysis and flux variability analysis against genome-scale metabolic network were used to calculate three aspects of factors affecting metabolic flexibility of Klebsiella pneumoniae such as internal reaction variability,exchange reaction variability,growth rate variability with COBRA Tool-box.Results showed that growth rate variability was the major factor affecting metabolic flexibility and control-ling growth rate to suboptimal could make greater metabolic flexibility.Effect of growth rate variability on flux variability was further studied,and summed up two necessary conditions for improving metabolic flexibility and enhancing the adaptability for external environment.