临床与病理杂志
臨床與病理雜誌
림상여병리잡지
International Journal of Pathology and Clinical Medicine
2015年
z1期
65-65
,共1页
范志远%刘炳亚%朱正伦%严超%刘文韬%燕敏
範誌遠%劉炳亞%硃正倫%嚴超%劉文韜%燕敏
범지원%류병아%주정륜%엄초%류문도%연민
目的：筛选可靠的胃癌诊断及预后相关长链非编码RNA(lncRNA)谱，建立基于lncRNA谱的胃癌预后风险评分系统。方法：下载4个已发表的胃癌cDNA芯片数据集，对训练集GSE63089采用6种不同分类器筛选得到胃癌相关lncRNA谱，十字交叉验证及ROC曲线评估其诊断价值。在测试集(GSE27342， GSE38749和GSE50710)中验证模型的稳定性。经随机森林算法进一步筛选得到胃癌预后相关lncRNA，基于此建立胃癌风险评分，进而与性别、年龄等参数行单因素及多因素Cox回归。GSEA分析揭示胃癌预后相关lncRNA 的生物学功能。最后，通过7株胃癌细胞株、胃上皮永生化细胞株GES-1及30对胃癌组织以qRT-PCR法检测胃癌预后相关lncRNA在体内外的表达水平及对胃癌的诊断能力。结果：经训练集GSE63089筛选，得到35个具诊断胃癌价值的lncRNA；十字交叉验证显示6种分类器基于35个lncRNA诊断胃癌的准确率分别为90%、87%、89%、88%、89%和92%；3种线性分类器(CC、DLDA和SVM)ROC曲线的AUC分别为0.957，0.961和0.986。验证集中诊断胃癌的准确率同样可达70~100%，证明模型的稳定性。随机森林算法进一步筛选出5个与胃癌预后相关的lncRNA(AK001094、AK024171、AK093735、BC003519和NR_003573)，基于其表达值建立胃癌预后风险评分。该评分系统对预后判断的AUC值为0.732；单因素及多因素分析发现，风险评分是胃癌预后的独立风险因素[单因素分析，HR =2.718，95% CI,1.452~5.090]；多因素分析，HR =5.249，95% CI,1.718-16.034]。GSEA分析显示，5个lncRNA主要参与细胞粘附等信号通路。体内外实验验证发现，AK093735、BC003519及NR_003573在胃癌中表达上调(P<0.05)，而AK001094、AK024171则表达下调(P<0.05)，与芯片结果一致；5个lncRNA诊断胃癌的AUC值分别为0.693、0.745、0.896、0.769和0.845，5者联合诊断的AUC值为0.958。结论：LncRNA谱可以作为胃癌诊断及预后的可靠标志物，但其具体生物学机制尚待进一步研究证实。
目的：篩選可靠的胃癌診斷及預後相關長鏈非編碼RNA(lncRNA)譜，建立基于lncRNA譜的胃癌預後風險評分繫統。方法：下載4箇已髮錶的胃癌cDNA芯片數據集，對訓練集GSE63089採用6種不同分類器篩選得到胃癌相關lncRNA譜，十字交扠驗證及ROC麯線評估其診斷價值。在測試集(GSE27342， GSE38749和GSE50710)中驗證模型的穩定性。經隨機森林算法進一步篩選得到胃癌預後相關lncRNA，基于此建立胃癌風險評分，進而與性彆、年齡等參數行單因素及多因素Cox迴歸。GSEA分析揭示胃癌預後相關lncRNA 的生物學功能。最後，通過7株胃癌細胞株、胃上皮永生化細胞株GES-1及30對胃癌組織以qRT-PCR法檢測胃癌預後相關lncRNA在體內外的錶達水平及對胃癌的診斷能力。結果：經訓練集GSE63089篩選，得到35箇具診斷胃癌價值的lncRNA；十字交扠驗證顯示6種分類器基于35箇lncRNA診斷胃癌的準確率分彆為90%、87%、89%、88%、89%和92%；3種線性分類器(CC、DLDA和SVM)ROC麯線的AUC分彆為0.957，0.961和0.986。驗證集中診斷胃癌的準確率同樣可達70~100%，證明模型的穩定性。隨機森林算法進一步篩選齣5箇與胃癌預後相關的lncRNA(AK001094、AK024171、AK093735、BC003519和NR_003573)，基于其錶達值建立胃癌預後風險評分。該評分繫統對預後判斷的AUC值為0.732；單因素及多因素分析髮現，風險評分是胃癌預後的獨立風險因素[單因素分析，HR =2.718，95% CI,1.452~5.090]；多因素分析，HR =5.249，95% CI,1.718-16.034]。GSEA分析顯示，5箇lncRNA主要參與細胞粘附等信號通路。體內外實驗驗證髮現，AK093735、BC003519及NR_003573在胃癌中錶達上調(P<0.05)，而AK001094、AK024171則錶達下調(P<0.05)，與芯片結果一緻；5箇lncRNA診斷胃癌的AUC值分彆為0.693、0.745、0.896、0.769和0.845，5者聯閤診斷的AUC值為0.958。結論：LncRNA譜可以作為胃癌診斷及預後的可靠標誌物，但其具體生物學機製尚待進一步研究證實。
목적：사선가고적위암진단급예후상관장련비편마RNA(lncRNA)보，건립기우lncRNA보적위암예후풍험평분계통。방법：하재4개이발표적위암cDNA심편수거집，대훈련집GSE63089채용6충불동분류기사선득도위암상관lncRNA보，십자교차험증급ROC곡선평고기진단개치。재측시집(GSE27342， GSE38749화GSE50710)중험증모형적은정성。경수궤삼림산법진일보사선득도위암예후상관lncRNA，기우차건립위암풍험평분，진이여성별、년령등삼수행단인소급다인소Cox회귀。GSEA분석게시위암예후상관lncRNA 적생물학공능。최후，통과7주위암세포주、위상피영생화세포주GES-1급30대위암조직이qRT-PCR법검측위암예후상관lncRNA재체내외적표체수평급대위암적진단능력。결과：경훈련집GSE63089사선，득도35개구진단위암개치적lncRNA；십자교차험증현시6충분류기기우35개lncRNA진단위암적준학솔분별위90%、87%、89%、88%、89%화92%；3충선성분류기(CC、DLDA화SVM)ROC곡선적AUC분별위0.957，0.961화0.986。험증집중진단위암적준학솔동양가체70~100%，증명모형적은정성。수궤삼림산법진일보사선출5개여위암예후상관적lncRNA(AK001094、AK024171、AK093735、BC003519화NR_003573)，기우기표체치건립위암예후풍험평분。해평분계통대예후판단적AUC치위0.732；단인소급다인소분석발현，풍험평분시위암예후적독립풍험인소[단인소분석，HR =2.718，95% CI,1.452~5.090]；다인소분석，HR =5.249，95% CI,1.718-16.034]。GSEA분석현시，5개lncRNA주요삼여세포점부등신호통로。체내외실험험증발현，AK093735、BC003519급NR_003573재위암중표체상조(P<0.05)，이AK001094、AK024171칙표체하조(P<0.05)，여심편결과일치；5개lncRNA진단위암적AUC치분별위0.693、0.745、0.896、0.769화0.845，5자연합진단적AUC치위0.958。결론：LncRNA보가이작위위암진단급예후적가고표지물，단기구체생물학궤제상대진일보연구증실。
