广东海洋大学学报
廣東海洋大學學報
엄동해양대학학보
JOURNAL OF GUANGDONG OCEAN UNIVERSITY
2015年
4期
1-9
,共9页
方玲玲%陈刚%王忠良%汤保贵%张健东%黄建盛%周晖
方玲玲%陳剛%王忠良%湯保貴%張健東%黃建盛%週暉
방령령%진강%왕충량%탕보귀%장건동%황건성%주휘
卵形鲳鲹%过氧化物酶体增殖物激活受体 α(PPAR α)%基因%克隆%cDNA 末端快速扩增(RACE)%生物信息学%组织表达
卵形鯧鲹%過氧化物酶體增殖物激活受體 α(PPAR α)%基因%剋隆%cDNA 末耑快速擴增(RACE)%生物信息學%組織錶達
란형창소%과양화물매체증식물격활수체 α(PPAR α)%기인%극륭%cDNA 말단쾌속확증(RACE)%생물신식학%조직표체
Trachinotus ovatus%peroxisome proliferator activated receptors-α (PPAR α)%gene%clone%Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE)%bioinformatics%tissue expression
采用 RACE-PCR 克隆卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptors-α，PPAR α）基因的 cDNA 序列全长，并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征。结果表明：卵形鲳鲹 PPAR α基因（GenBank 登录号 KP893147）cDNA 全长1930 bp，开放阅读框（ORF）为1425 bp，共编码474个氨基酸，其编码的蛋白质为不稳定蛋白，无信号肽和跨膜结构，二级结构由α螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成，且α螺旋占较大比例；预测显示，该蛋白有 PPARs 基因家族典型的 DNA 结合区（DBD）和配体结合区（LBD）；序列对比表明，卵形鲳鲹 PPAR α基因与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）、花鲈（Lateolabrax japonicas）、大黄鱼（Larimichthys crocea）、金头鲷（Sparus aurata）、军曹鱼（Rachycentron canadum）等有较高的同源性（81%~89%）；蛋白系统进化树分析显示，在人（Homo sapiens）、鼠（Mus musculus）、鸭（Gallus gallus）、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中，卵形鲳鲹的 PPAR α蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切（94%），与人（68%）、鼠（68%）、鸭（67%）等的同源性较低。荧光定量分析显示，卵形鲳鲹 PPAR α mRNA 在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高，其次是皮肤、肌肉，在心脏、肝脏中表达量较低。
採用 RACE-PCR 剋隆卵形鯧鲹（Trachinotus ovatus）過氧化物酶體增殖物激活受體（peroxisome proliferator activated receptors-α，PPAR α）基因的 cDNA 序列全長，併應用生物信息學方法分析其編碼蛋白質的理化性質和結構特徵。結果錶明：卵形鯧鲹 PPAR α基因（GenBank 登錄號 KP893147）cDNA 全長1930 bp，開放閱讀框（ORF）為1425 bp，共編碼474箇氨基痠，其編碼的蛋白質為不穩定蛋白，無信號肽和跨膜結構，二級結構由α螺鏇、β轉角、伸展片段和無規則捲麯組成，且α螺鏇佔較大比例；預測顯示，該蛋白有 PPARs 基因傢族典型的 DNA 結閤區（DBD）和配體結閤區（LBD）；序列對比錶明，卵形鯧鲹 PPAR α基因與尼囉囉非魚（Oreochromis niloticus）、花鱸（Lateolabrax japonicas）、大黃魚（Larimichthys crocea）、金頭鯛（Sparus aurata）、軍曹魚（Rachycentron canadum）等有較高的同源性（81%~89%）；蛋白繫統進化樹分析顯示，在人（Homo sapiens）、鼠（Mus musculus）、鴨（Gallus gallus）、花鱸、大黃魚、軍曹魚等動物中，卵形鯧鲹的 PPAR α蛋白與軍曹魚的進化關繫最為密切（94%），與人（68%）、鼠（68%）、鴨（67%）等的同源性較低。熒光定量分析顯示，卵形鯧鲹 PPAR α mRNA 在腦、腎髒、腸、脾髒等組織錶達水平較高，其次是皮膚、肌肉，在心髒、肝髒中錶達量較低。
채용 RACE-PCR 극륭란형창소（Trachinotus ovatus）과양화물매체증식물격활수체（peroxisome proliferator activated receptors-α，PPAR α）기인적 cDNA 서렬전장，병응용생물신식학방법분석기편마단백질적이화성질화결구특정。결과표명：란형창소 PPAR α기인（GenBank 등록호 KP893147）cDNA 전장1930 bp，개방열독광（ORF）위1425 bp，공편마474개안기산，기편마적단백질위불은정단백，무신호태화과막결구，이급결구유α라선、β전각、신전편단화무규칙권곡조성，차α라선점교대비례；예측현시，해단백유 PPARs 기인가족전형적 DNA 결합구（DBD）화배체결합구（LBD）；서렬대비표명，란형창소 PPAR α기인여니라라비어（Oreochromis niloticus）、화로（Lateolabrax japonicas）、대황어（Larimichthys crocea）、금두조（Sparus aurata）、군조어（Rachycentron canadum）등유교고적동원성（81%~89%）；단백계통진화수분석현시，재인（Homo sapiens）、서（Mus musculus）、압（Gallus gallus）、화로、대황어、군조어등동물중，란형창소적 PPAR α단백여군조어적진화관계최위밀절（94%），여인（68%）、서（68%）、압（67%）등적동원성교저。형광정량분석현시，란형창소 PPAR α mRNA 재뇌、신장、장、비장등조직표체수평교고，기차시피부、기육，재심장、간장중표체량교저。
The full-length cDNA of PPAR α in Trachinotus ovatus was cloned by RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends), and the protein structures, physical, chemical properties and their functional domain structures which encoded by PPAR α gene were analyzed by bioinformatics method. The results showed that cDNA sequences of PPAR α in T. ovatus were 1 930 bp, and the open reading frame was 1 425 bp, encoding 474 amino acids (GenBank accession No. KP893147). The protein was unstable protein without signal peptide and trans-membrane. The secondary structure of PPAR αcontains alpha helixes, beta turns, and extended strands, random coils. At the same time, alpha helixes were 45.15%. There were some typical structures in PPAR α, including a DNA-binding domain with zinc-finger structures, and a ligand binding domain which can integrate ligands and activate PPAR α. That the sequences of T. ovatus PPAR α were highly homologous with those cloned from Japanese sea perch, cobia, large yellow croaker and gilthead sea-bream (81% - 89%), phylogenetic tree analysis of PPAR α protein showed that the nearest relationship existed between T. ovatus and cobia among all the species mentioned above, and the lowest homology was human. Using quantitative real-time RT-PCR, we observed that PPAR α mRNA was expressed predominantly in brain-lipid, spleen, intestine and head-kidney tissues of T. ovatus.
