湖北农业科学
湖北農業科學
호북농업과학
Hubei Agricultural Sciences
2015年
13期
3283-3288,3293
,共7页
梁立%刘嵬%何红秋%苟小军%胡建平
樑立%劉嵬%何紅鞦%茍小軍%鬍建平
량립%류외%하홍추%구소군%호건평
HIV-1整合酶%雷特格韦%同源模建%结构优化%分子动力学模拟%运动模式%分子识别
HIV-1整閤酶%雷特格韋%同源模建%結構優化%分子動力學模擬%運動模式%分子識彆
HIV-1정합매%뢰특격위%동원모건%결구우화%분자동역학모의%운동모식%분자식별
HIV-1 integrase%raltegravir%homology modeling%structure refine%molecular dynamics simulation%motion mode%molecular recognition
以原型泡沫病毒(PFV)整合酶(Integrase,IN)-雷特格韦(Raltegravir,RLV)复合物晶体结构为模板,同源模建了HIV-1 IN-RLV复合物模型.恰当的Ramachandran plot分布和Profile-3D数值结果验证了复合物模型的合理性.用分子动力学(Molecular dynamics,MD)模拟优化了模建复合物,分子整体结构发生微幅调整,其中活性口袋区关键残基D 116-Mg 1-Mg2-E 152有一定关联柔性摆动,这对于IN结合柔性较大的RLV分子较为有利.运动性分析表明,RLV分子围绕中心羟基嘧啶,两侧恶二唑和氟苯略微靠近.通过与晶体结构及对接结果对比发现,D116和N155可能是识别RLV抑制剂最为关键的两个残基.
以原型泡沫病毒(PFV)整閤酶(Integrase,IN)-雷特格韋(Raltegravir,RLV)複閤物晶體結構為模闆,同源模建瞭HIV-1 IN-RLV複閤物模型.恰噹的Ramachandran plot分佈和Profile-3D數值結果驗證瞭複閤物模型的閤理性.用分子動力學(Molecular dynamics,MD)模擬優化瞭模建複閤物,分子整體結構髮生微幅調整,其中活性口袋區關鍵殘基D 116-Mg 1-Mg2-E 152有一定關聯柔性襬動,這對于IN結閤柔性較大的RLV分子較為有利.運動性分析錶明,RLV分子圍繞中心羥基嘧啶,兩側噁二唑和氟苯略微靠近.通過與晶體結構及對接結果對比髮現,D116和N155可能是識彆RLV抑製劑最為關鍵的兩箇殘基.
이원형포말병독(PFV)정합매(Integrase,IN)-뢰특격위(Raltegravir,RLV)복합물정체결구위모판,동원모건료HIV-1 IN-RLV복합물모형.흡당적Ramachandran plot분포화Profile-3D수치결과험증료복합물모형적합이성.용분자동역학(Molecular dynamics,MD)모의우화료모건복합물,분자정체결구발생미폭조정,기중활성구대구관건잔기D 116-Mg 1-Mg2-E 152유일정관련유성파동,저대우IN결합유성교대적RLV분자교위유리.운동성분석표명,RLV분자위요중심간기밀정,량측악이서화불분략미고근.통과여정체결구급대접결과대비발현,D116화N155가능시식별RLV억제제최위관건적량개잔기.
