计算机应用与软件
計算機應用與軟件
계산궤응용여연건
Computer Applications and Software
2015年
10期
248-252
,共5页
DNA 计算%DNA 序列设计%DNA 编码%小种群遗传算法%线性码
DNA 計算%DNA 序列設計%DNA 編碼%小種群遺傳算法%線性碼
DNA 계산%DNA 서렬설계%DNA 편마%소충군유전산법%선성마
DNA computing%DNA sequence design%DNA encoding%Small population genetic algorithm%Linear code
针对 DNA 计算中的 DNA 序列设计问题,基于6个 DNA 序列设计约束条件,将 DNA 序列设计问题转化为多目标优化问题,提出小生境遗传算法进行求解。算法利用 DNA 序列设计中的相似性约束与 H-测度约束,在单链 DNA 序列集合上定义共享函数,利用两种类型的编码等价变换以及模4算术运算,构造了5个遗传算子,并给出具体的 DNA 序列设计结果。通过比较,算法可以得到质量更好的 DNA 序列,且在种群规模与进化代数方面具有更高的计算效率。
針對 DNA 計算中的 DNA 序列設計問題,基于6箇 DNA 序列設計約束條件,將 DNA 序列設計問題轉化為多目標優化問題,提齣小生境遺傳算法進行求解。算法利用 DNA 序列設計中的相似性約束與 H-測度約束,在單鏈 DNA 序列集閤上定義共享函數,利用兩種類型的編碼等價變換以及模4算術運算,構造瞭5箇遺傳算子,併給齣具體的 DNA 序列設計結果。通過比較,算法可以得到質量更好的 DNA 序列,且在種群規模與進化代數方麵具有更高的計算效率。
침대 DNA 계산중적 DNA 서렬설계문제,기우6개 DNA 서렬설계약속조건,장 DNA 서렬설계문제전화위다목표우화문제,제출소생경유전산법진행구해。산법이용 DNA 서렬설계중적상사성약속여 H-측도약속,재단련 DNA 서렬집합상정의공향함수,이용량충류형적편마등개변환이급모4산술운산,구조료5개유전산자,병급출구체적 DNA 서렬설계결과。통과비교,산법가이득도질량경호적 DNA 서렬,차재충군규모여진화대수방면구유경고적계산효솔。
For the problem of DNA sequence design in DNA computing,we transform it to a multi-objective optimisation problem based on six constraints in DNA sequence design,and present the niche genetic algorithm to solve it.In the algorithm,a sharing function over the set of single DNA strand is defined using similarity constraint and H-measure constraint in DNA sequence design;five genetic operators are con-structed based on two kinds of code equivalent transformations and modulo 4 arithmetic operation;and the specific results of DNA sequence design is presented as well.Compared with previous results,this algorithm can get DNA sequences with better quality and has higher compu-tation efficiency in terms of population size and evolution algebra.