贵州农业科学
貴州農業科學
귀주농업과학
Guizhou Agricultural Sciences
2015年
8期
34-37
,共4页
大豆%去乙酰化酶%Sir2%SRT%生物信息学
大豆%去乙酰化酶%Sir2%SRT%生物信息學
대두%거을선화매%Sir2%SRT%생물신식학
soybean%deacetylase%Sir2%SRT%bioinformatics
为研究大豆细胞衰老机制,利用拟南芥、Phytozome、NCBI等数据库及ClustalX 2.0、MEGA 5.0、ExPASy、Smart、DomainDraw等软件对大豆中的Sir2基因进行定位,绘制系统进化树,并对其蛋白的理化特性、组织表达特异性及发挥作用的功能结构域进行预测和分析.结果表明:大豆SRT1和SRT2基因均含2个拷贝,SRT1基因分别位于18号和8号染色体,SR T2基因分别位于4号和6号染色体;SRT1与SRT2蛋白理化性质相近,均为稳定的碱性疏水性蛋白,不含信号肽,均含有Pfam:SIR2结构域,而位于18号染色体的SRT2蛋白含有2个Pfam:SIR2结构域,表明该蛋白的活性可能更高;SRT1仅在胚中表达,而SRT2不仅在胚中表达,还表达于花、下胚轴、叶、根和茎中,表明SRT2在大豆体内的表达更广泛;系统进化树显示,大豆SRT1和SRT2蛋白与菜豆亲缘关系最近,而在双子叶植物中与番茄关系最远.
為研究大豆細胞衰老機製,利用擬南芥、Phytozome、NCBI等數據庫及ClustalX 2.0、MEGA 5.0、ExPASy、Smart、DomainDraw等軟件對大豆中的Sir2基因進行定位,繪製繫統進化樹,併對其蛋白的理化特性、組織錶達特異性及髮揮作用的功能結構域進行預測和分析.結果錶明:大豆SRT1和SRT2基因均含2箇拷貝,SRT1基因分彆位于18號和8號染色體,SR T2基因分彆位于4號和6號染色體;SRT1與SRT2蛋白理化性質相近,均為穩定的堿性疏水性蛋白,不含信號肽,均含有Pfam:SIR2結構域,而位于18號染色體的SRT2蛋白含有2箇Pfam:SIR2結構域,錶明該蛋白的活性可能更高;SRT1僅在胚中錶達,而SRT2不僅在胚中錶達,還錶達于花、下胚軸、葉、根和莖中,錶明SRT2在大豆體內的錶達更廣汎;繫統進化樹顯示,大豆SRT1和SRT2蛋白與菜豆親緣關繫最近,而在雙子葉植物中與番茄關繫最遠.
위연구대두세포쇠로궤제,이용의남개、Phytozome、NCBI등수거고급ClustalX 2.0、MEGA 5.0、ExPASy、Smart、DomainDraw등연건대대두중적Sir2기인진행정위,회제계통진화수,병대기단백적이화특성、조직표체특이성급발휘작용적공능결구역진행예측화분석.결과표명:대두SRT1화SRT2기인균함2개고패,SRT1기인분별위우18호화8호염색체,SR T2기인분별위우4호화6호염색체;SRT1여SRT2단백이화성질상근,균위은정적감성소수성단백,불함신호태,균함유Pfam:SIR2결구역,이위우18호염색체적SRT2단백함유2개Pfam:SIR2결구역,표명해단백적활성가능경고;SRT1부재배중표체,이SRT2불부재배중표체,환표체우화、하배축、협、근화경중,표명SRT2재대두체내적표체경엄범;계통진화수현시,대두SRT1화SRT2단백여채두친연관계최근,이재쌍자협식물중여번가관계최원.
