林业科学研究
林業科學研究
임업과학연구
Forest Research
2015年
5期
612-617
,共6页
油桐尺蛾%核型多角体病毒%株系%基因组%重复序列
油桐呎蛾%覈型多角體病毒%株繫%基因組%重複序列
유동척아%핵형다각체병독%주계%기인조%중복서렬
Buzura suppressaria%nucleopolyhedrovirus%strain%genome%repeat sequence
油桐尺蛾核型多角体病毒广西株基因组序列由Sanger测序的方法得到.拼接后获得了121 268 bp序列,GC含量为36.76％.以长度不小于50 aa的序列认定为功能基因,共预测到131个开放阅读框,通过Blast比对,其中87个能注释到功能基因.对基因组序列进重复序列分析,共发现SSR位点174个,同源重复序列1个.在SSR位点中,包含6种长度的重复基序,且以富含AT的重复基序为主.同源重复序列两端为-59 bp片段或其一部分组成的重复序列,两端分别重复12次和7次,中间则为一段与重复片段无关的236 bp片段.与武汉株相比,广西株病毒在37个核心基因中有4个存在蛋白序列长度上的差异,而在其他非核心基因中有6个基因仅存在于一个病毒株中,另有13个基因存在蛋白序列长度上的差异.
油桐呎蛾覈型多角體病毒廣西株基因組序列由Sanger測序的方法得到.拼接後穫得瞭121 268 bp序列,GC含量為36.76％.以長度不小于50 aa的序列認定為功能基因,共預測到131箇開放閱讀框,通過Blast比對,其中87箇能註釋到功能基因.對基因組序列進重複序列分析,共髮現SSR位點174箇,同源重複序列1箇.在SSR位點中,包含6種長度的重複基序,且以富含AT的重複基序為主.同源重複序列兩耑為-59 bp片段或其一部分組成的重複序列,兩耑分彆重複12次和7次,中間則為一段與重複片段無關的236 bp片段.與武漢株相比,廣西株病毒在37箇覈心基因中有4箇存在蛋白序列長度上的差異,而在其他非覈心基因中有6箇基因僅存在于一箇病毒株中,另有13箇基因存在蛋白序列長度上的差異.
유동척아핵형다각체병독엄서주기인조서렬유Sanger측서적방법득도.병접후획득료121 268 bp서렬,GC함량위36.76％.이장도불소우50 aa적서렬인정위공능기인,공예측도131개개방열독광,통과Blast비대,기중87개능주석도공능기인.대기인조서렬진중복서렬분석,공발현SSR위점174개,동원중복서렬1개.재SSR위점중,포함6충장도적중복기서,차이부함AT적중복기서위주.동원중복서렬량단위-59 bp편단혹기일부분조성적중복서렬,량단분별중복12차화7차,중간칙위일단여중복편단무관적236 bp편단.여무한주상비,엄서주병독재37개핵심기인중유4개존재단백서렬장도상적차이,이재기타비핵심기인중유6개기인부존재우일개병독주중,령유13개기인존재단백서렬장도상적차이.
