中国医师杂志
中國醫師雜誌
중국의사잡지
Journal of Chinese Physician
2015年
9期
1364-1368
,共5页
李铁求%滕伊漓%邹亚光%毛向明
李鐵求%滕伊巑%鄒亞光%毛嚮明
리철구%등이리%추아광%모향명
寡核苷酸序列分析%计算生物学%前列腺肿瘤/遗传学%肿瘤转移/遗传学%基因
寡覈苷痠序列分析%計算生物學%前列腺腫瘤/遺傳學%腫瘤轉移/遺傳學%基因
과핵감산서렬분석%계산생물학%전렬선종류/유전학%종류전이/유전학%기인
Oligonucleotide array sequence analysis%Computational biology%Prostatic neoplasms/GE%Neoplasm metastasis/GE%Genes
目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌转移相关VCAN基因以及蛋白的结构,为进一步研究其功能和参与的调控机制提供一定的理论依据.方法 在公共基因芯片数据库(GEO)中下载前列腺癌转移的相关基因芯片数据,利用BRB-ArrayTools软件、protparam、SMART、SignalP 4.0、TMHMM、NetPhos2.0、PredictProtein、SWISS-MODEL、GO、KEGG、STRING等生物信息学工具进行数据挖掘及生物信息学分析.结果 共筛选出前列腺癌转移共同差异基因73个,其中表达上调21个,表达下调52个,其中对前列腺癌转移高表达基因VCAN进行生物信息学发现,VCAN蛋白由3 396个氨基酸组成,该蛋白含有1个IG结构域、2个Link结构域,1个EGF结构域、1个EGF_CA结构域、1个CLECT结构域和1个CCP结构域,主要参与细胞黏附、透明质酸结合、钙离子结合、糖胺聚糖结合、细胞外基质、细胞黏附分子等分子功能及信号通路.结论 利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,VCAN可能在前列腺癌转移中发挥重要作用,有望成为前列腺癌转移的早期诊断标志物和治疗的新靶点.
目的 利用生物信息學方法分析前列腺癌轉移相關VCAN基因以及蛋白的結構,為進一步研究其功能和參與的調控機製提供一定的理論依據.方法 在公共基因芯片數據庫(GEO)中下載前列腺癌轉移的相關基因芯片數據,利用BRB-ArrayTools軟件、protparam、SMART、SignalP 4.0、TMHMM、NetPhos2.0、PredictProtein、SWISS-MODEL、GO、KEGG、STRING等生物信息學工具進行數據挖掘及生物信息學分析.結果 共篩選齣前列腺癌轉移共同差異基因73箇,其中錶達上調21箇,錶達下調52箇,其中對前列腺癌轉移高錶達基因VCAN進行生物信息學髮現,VCAN蛋白由3 396箇氨基痠組成,該蛋白含有1箇IG結構域、2箇Link結構域,1箇EGF結構域、1箇EGF_CA結構域、1箇CLECT結構域和1箇CCP結構域,主要參與細胞黏附、透明質痠結閤、鈣離子結閤、糖胺聚糖結閤、細胞外基質、細胞黏附分子等分子功能及信號通路.結論 利用生物信息學的方法能有效分析基因芯片數據併穫取生物內在信息,VCAN可能在前列腺癌轉移中髮揮重要作用,有望成為前列腺癌轉移的早期診斷標誌物和治療的新靶點.
목적 이용생물신식학방법분석전렬선암전이상관VCAN기인이급단백적결구,위진일보연구기공능화삼여적조공궤제제공일정적이론의거.방법 재공공기인심편수거고(GEO)중하재전렬선암전이적상관기인심편수거,이용BRB-ArrayTools연건、protparam、SMART、SignalP 4.0、TMHMM、NetPhos2.0、PredictProtein、SWISS-MODEL、GO、KEGG、STRING등생물신식학공구진행수거알굴급생물신식학분석.결과 공사선출전렬선암전이공동차이기인73개,기중표체상조21개,표체하조52개,기중대전렬선암전이고표체기인VCAN진행생물신식학발현,VCAN단백유3 396개안기산조성,해단백함유1개IG결구역、2개Link결구역,1개EGF결구역、1개EGF_CA결구역、1개CLECT결구역화1개CCP결구역,주요삼여세포점부、투명질산결합、개리자결합、당알취당결합、세포외기질、세포점부분자등분자공능급신호통로.결론 이용생물신식학적방법능유효분석기인심편수거병획취생물내재신식,VCAN가능재전렬선암전이중발휘중요작용,유망성위전렬선암전이적조기진단표지물화치료적신파점.
Objective To investigate the function and regulatory mechanisms of VCAN gene and protein in metastatic prostate cancer.Methods The data of whole genomic expression profiles got from the prostate cancer metastasis were obtained from gene expression omnibus (GEO) database,a set of bioinformatics tools,such as BRB-Array Tools,protparam,SMART,SignalP 4.0,TMHMM,NetPhos2.0,PredictProtein,SWISS-MODEL,GO,KEGG and STRING softwares were used to accomplish data-mining and bioinformatics analysis.Results There were 73 co-expressed differentially genes in prostate cancer metastasis,21 up-regulated and 52 down-regulated.Bioinformatics analysis indicated that VCAN gene encoded 3396 amino acids,VCAN was also contained one Immunoglobulin domain,two hyaluronan-binding domain,one epidermal growth factor-like domain,one calcium-binding EGF-like domain,one C-type lectin domain and one domain abundant in complement control proteins,and a furthermore analysis suggested that VCAN played essential roles in such important biological function including cell adhesion,hyaluronic acid binding,calcium-binding,glycosaminoglycan binding,extracellular matrix and cell adhesion molecules.Conclusions Bioinformatics analysis had a high efficiency in analyzing microarray data and revealing internal biology information.VCAN may play an important role in the prostate cancer metastasis,Thus,VCAN might be a novel biomarker for the diagnosis of prostate cancer metastasis or a new target for its treatment.
