贵州农业科学
貴州農業科學
귀주농업과학
Guizhou Agricultural Sciences
2015年
9期
130-133
,共4页
宋海涛%杜典策%袁珍军%刘彬%罗卫星
宋海濤%杜典策%袁珍軍%劉彬%囉衛星
송해도%두전책%원진군%류빈%라위성
DQB1基因外显子3%DNA池%生物信息学%贵州白山羊
DQB1基因外顯子3%DNA池%生物信息學%貴州白山羊
DQB1기인외현자3%DNA지%생물신식학%귀주백산양
DQB1 gene' exon 3%DNA pool%bioinformatics%Guizhou White Goat
为筛选贵州白山羊DQB1基因外显子3序列的SNPs位点,并进一步研究MHC基因多态性与山羊免疫性状的相关性奠定基础,以贵州白山羊为研究对象,采用混合DNA池与直接测序相结合对DQB1基因外显子3多态性及生物信息学进行分析.结果表明:贵州白山羊DQB1基因外显子3中有17个SNPs位点,其中,G+ 115A(Arg→Gln)、C+ 156T(Leu→Phe)、G+ 206A(Met→ Ile)、G+ 238A(Arg→His)和T+270A(Ser→Thr)位点为错义突变;C+20T位点具有最小的自由能,其RNA二级结构最为稳定;各基因型蛋白质二级结构均由β折叠和无规则卷曲构成且比例相近,易于抗原决定簇的形成;参考序列与错义突变5种基因型均存在5段抗原决定簇,且均具有较高的平均抗原倾向性.
為篩選貴州白山羊DQB1基因外顯子3序列的SNPs位點,併進一步研究MHC基因多態性與山羊免疫性狀的相關性奠定基礎,以貴州白山羊為研究對象,採用混閤DNA池與直接測序相結閤對DQB1基因外顯子3多態性及生物信息學進行分析.結果錶明:貴州白山羊DQB1基因外顯子3中有17箇SNPs位點,其中,G+ 115A(Arg→Gln)、C+ 156T(Leu→Phe)、G+ 206A(Met→ Ile)、G+ 238A(Arg→His)和T+270A(Ser→Thr)位點為錯義突變;C+20T位點具有最小的自由能,其RNA二級結構最為穩定;各基因型蛋白質二級結構均由β摺疊和無規則捲麯構成且比例相近,易于抗原決定簇的形成;參攷序列與錯義突變5種基因型均存在5段抗原決定簇,且均具有較高的平均抗原傾嚮性.
위사선귀주백산양DQB1기인외현자3서렬적SNPs위점,병진일보연구MHC기인다태성여산양면역성상적상관성전정기출,이귀주백산양위연구대상,채용혼합DNA지여직접측서상결합대DQB1기인외현자3다태성급생물신식학진행분석.결과표명:귀주백산양DQB1기인외현자3중유17개SNPs위점,기중,G+ 115A(Arg→Gln)、C+ 156T(Leu→Phe)、G+ 206A(Met→ Ile)、G+ 238A(Arg→His)화T+270A(Ser→Thr)위점위착의돌변;C+20T위점구유최소적자유능,기RNA이급결구최위은정;각기인형단백질이급결구균유β절첩화무규칙권곡구성차비례상근,역우항원결정족적형성;삼고서렬여착의돌변5충기인형균존재5단항원결정족,차균구유교고적평균항원경향성.
