质谱学报
質譜學報
질보학보
Journal of Chinese Mass Spectrometry Society
2015年
6期
535-542
,共8页
孙海涛%杨志强%李葆红%陈德展
孫海濤%楊誌彊%李葆紅%陳德展
손해도%양지강%리보홍%진덕전
代谢组学%液相色谱-质谱(LC/MS)%谱峰预识别%并行处理
代謝組學%液相色譜-質譜(LC/MS)%譜峰預識彆%併行處理
대사조학%액상색보-질보(LC/MS)%보봉예식별%병행처리
metabonomics%liquid chromatography-mass spectrometry (LC/MS)%peak-pre-identification%parallel processing
代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后生命科学研究领域一个新的分支,液相色谱-质谱(LC/MS)联用技术是代谢组学研究过程中广泛使用的一种代谢物检测方法.为快速处理LC/MS联用仪在检测过程中产生的大量原始数据,本研究将原始数据分组后由不同的计算节点完成预处理工作,提出了基于数据并行的预处理方法;为提高并行效率,提出了谱峰预识别算法.实验表明:27个小鼠血清样本原始数据在5个计算节点上分组并行处理,按照保留时间平均划分的加速比为2.87,按照谱峰平均划分的加速比为4.55;经大量数据和更多计算节点测试,数据并行处理方法比单计算节点串行处理方法的速度有很大提高,谱峰并行模式加速比Sp趋近于理想加速比P.该方法能够快速、准确地处理代谢组学研究过程中产生的海量数据.
代謝組學是繼基因組學和蛋白質組學之後生命科學研究領域一箇新的分支,液相色譜-質譜(LC/MS)聯用技術是代謝組學研究過程中廣汎使用的一種代謝物檢測方法.為快速處理LC/MS聯用儀在檢測過程中產生的大量原始數據,本研究將原始數據分組後由不同的計算節點完成預處理工作,提齣瞭基于數據併行的預處理方法;為提高併行效率,提齣瞭譜峰預識彆算法.實驗錶明:27箇小鼠血清樣本原始數據在5箇計算節點上分組併行處理,按照保留時間平均劃分的加速比為2.87,按照譜峰平均劃分的加速比為4.55;經大量數據和更多計算節點測試,數據併行處理方法比單計算節點串行處理方法的速度有很大提高,譜峰併行模式加速比Sp趨近于理想加速比P.該方法能夠快速、準確地處理代謝組學研究過程中產生的海量數據.
대사조학시계기인조학화단백질조학지후생명과학연구영역일개신적분지,액상색보-질보(LC/MS)련용기술시대사조학연구과정중엄범사용적일충대사물검측방법.위쾌속처리LC/MS련용의재검측과정중산생적대량원시수거,본연구장원시수거분조후유불동적계산절점완성예처리공작,제출료기우수거병행적예처리방법;위제고병행효솔,제출료보봉예식별산법.실험표명:27개소서혈청양본원시수거재5개계산절점상분조병행처리,안조보류시간평균화분적가속비위2.87,안조보봉평균화분적가속비위4.55;경대량수거화경다계산절점측시,수거병행처리방법비단계산절점천행처리방법적속도유흔대제고,보봉병행모식가속비Sp추근우이상가속비P.해방법능구쾌속、준학지처리대사조학연구과정중산생적해량수거.
