CAJ | 학술논문

应用SignaIP 3.0对植物病原细菌Pseudomonas syringae pv.tomato DC3000菌株基因组中的细菌染色体全部5 615个ORFs进行了分析,确定其中679个ORFs所编码蛋白质的N-端有信号肽序列,其中已经命名并有注释的有107个ORFs.信号肽的长度以19～31个氨基酸居多,其中最多的是23个氨基酸的信号肽.具有信号肽的ORFs编码蛋白的长度大多为101～400个氨基酸之间.同时,对组成信号肽的氨基酸种类作了系统的分析,发现组成信号肽的氨基酸中非极性氨基酸占48.54%,极性氨基酸占18.67%,带负电荷氨基酸占24.54%,带正电荷氨基酸仅占8.00%,出现最多的3种氨基酸依次为亮氨酸、丙氨酸和丝氨酸,最少的氨基酸是异亮氨酸,在切割位点-1端的氨基酸中83.21%均为丙氨酸,在切割位点后3位的氨基酸中最多的氨基酸也是丙氨酸.通过分析确定628个分泌类信号肽,36个信号肽具有RR-motif的保守区段,15个脂蛋白类信号肽,未发现Prepiln-like信号肽和Bacteriocin and Pheromone信号肽.
응용SignaIP 3.0대식물병원세균Pseudomonas syringae pv.tomato DC3000균주기인조중적세균염색체전부5 615개ORFs진행료분석,학정기중679개ORFs소편마단백질적N-단유신호태서렬,기중이경명명병유주석적유107개ORFs.신호태적장도이19～31개안기산거다,기중최다적시23개안기산적신호태.구유신호태적ORFs편마단백적장도대다위101～400개안기산지간.동시,대조성신호태적안기산충류작료계통적분석,발현조성신호태적안기산중비겁성안기산점48.54%,겁성안기산점18.67%,대부전하안기산점24.54%,대정전하안기산부점8.00%,출현최다적3충안기산의차위량안산、병안산화사안산,최소적안기산시이량안산,재절할위점-1단적안기산중83.21%균위병안산,재절할위점후3위적안기산중최다적안기산야시병안산.통과분석학정628개분비류신호태,36개신호태구유RR-motif적보수구단,15개지단백류신호태,미발현Prepiln-like신호태화Bacteriocin and Pheromone신호태.