遗传
遺傳
유전
HEREDITAS(BEIJING)
2010年
10期
1009-1017
,共9页
转录因子%DNA结合位点%数据库%生物信息学
轉錄因子%DNA結閤位點%數據庫%生物信息學
전록인자%DNA결합위점%수거고%생물신식학
转录水平的调控是基因调控的重要环节,其中转录因子(Transcription Factor,TF)和转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Site,TFBS)是转录调控的重要组成部分.为了解析基因转录调控过程中TF与其TFBS相互作用的分子机理,鉴定TFBS及构建基因转录调控网络,需要对已发现的TF及其TFBS信息进行系统的收集,整理和分析.目前,国际上已经出现不少关于TF及其TFBS的专业数据库,这些数据库对基因转录调控及TF相关的分子生物学、系统生物学及生物信息学的研究非常重要,对这些领域的研究起到了显著的推进作用.文章对7个目前比较著名的TF及其TFBS相关数据库,包括TRANSFAC、JASPAR、TFDB、TRRD、TRED、PAZAR、MAPPER的特点、数据种类和数量及使用方法进行了详细综述,并简要介绍了其他相关数据库.
轉錄水平的調控是基因調控的重要環節,其中轉錄因子(Transcription Factor,TF)和轉錄因子結閤位點(Transcription Factor Binding Site,TFBS)是轉錄調控的重要組成部分.為瞭解析基因轉錄調控過程中TF與其TFBS相互作用的分子機理,鑒定TFBS及構建基因轉錄調控網絡,需要對已髮現的TF及其TFBS信息進行繫統的收集,整理和分析.目前,國際上已經齣現不少關于TF及其TFBS的專業數據庫,這些數據庫對基因轉錄調控及TF相關的分子生物學、繫統生物學及生物信息學的研究非常重要,對這些領域的研究起到瞭顯著的推進作用.文章對7箇目前比較著名的TF及其TFBS相關數據庫,包括TRANSFAC、JASPAR、TFDB、TRRD、TRED、PAZAR、MAPPER的特點、數據種類和數量及使用方法進行瞭詳細綜述,併簡要介紹瞭其他相關數據庫.
전록수평적조공시기인조공적중요배절,기중전록인자(Transcription Factor,TF)화전록인자결합위점(Transcription Factor Binding Site,TFBS)시전록조공적중요조성부분.위료해석기인전록조공과정중TF여기TFBS상호작용적분자궤리,감정TFBS급구건기인전록조공망락,수요대이발현적TF급기TFBS신식진행계통적수집,정리화분석.목전,국제상이경출현불소관우TF급기TFBS적전업수거고,저사수거고대기인전록조공급TF상관적분자생물학、계통생물학급생물신식학적연구비상중요,대저사영역적연구기도료현저적추진작용.문장대7개목전비교저명적TF급기TFBS상관수거고,포괄TRANSFAC、JASPAR、TFDB、TRRD、TRED、PAZAR、MAPPER적특점、수거충류화수량급사용방법진행료상세종술,병간요개소료기타상관수거고.
