CAJ | 학술논문

美国国家生物信息技术中心(NCBI)提供了具有生物意义上的非冗余的基因和蛋白质序列的RefSeq参考序列数据库.然而,由于基因普遍存在的多态性以及不同实验室对于序列测定的质量控制存在差异等原因,已发现RefSeq数据库可能存在部分质量问题.文章基于"中心法则"提出"标准转录数据集"的概念,以人类基因和基因组序列为例,利用BLAT、Sim4和自行设计的Elparser等基因结构解析程序分析了RefSeq人类基因转录数据(2005-4-18)与目前所公布的人类标准基因组(2005-4-20)的对应关系.对于有实验证据支持的标记为NM_和NR_的记录,多种程序分析结果表明,其与标准基因组完全相对应的记录为9 771个;符合多个程序修订标准的记录有10 943个;而与标准基因组有较大差异的记录为203个,多种程序分析结果不一致的记录为2 676个,提示研究人员在使用此非标准转录组数据时,必须考虑到其存在非标准转录的原因甚至存在错误的可能性.此文为基于标准、高质量转录数据集的生物信息学数据分析、分子生物学实验设计、基因多样性和遗传变异分析等提供了重要的参考标准.相关结果可通过http://biocompute bmi.ac.cn/transcriptome/index.htm访问.
미국국가생물신식기술중심(NCBI)제공료구유생물의의상적비용여적기인화단백질서렬적RefSeq삼고서렬수거고.연이,유우기인보편존재적다태성이급불동실험실대우서렬측정적질량공제존재차이등원인,이발현RefSeq수거고가능존재부분질량문제.문장기우"중심법칙"제출"표준전록수거집"적개념,이인류기인화기인조서렬위례,이용BLAT、Sim4화자행설계적Elparser등기인결구해석정서분석료RefSeq인류기인전록수거(2005-4-18)여목전소공포적인류표준기인조(2005-4-20)적대응관계.대우유실험증거지지적표기위NM_화NR_적기록,다충정서분석결과표명,기여표준기인조완전상대응적기록위9 771개;부합다개정서수정표준적기록유10 943개;이여표준기인조유교대차이적기록위203개,다충정서분석결과불일치적기록위2 676개,제시연구인원재사용차비표준전록조수거시,필수고필도기존재비표준전록적원인심지존재착오적가능성.차문위기우표준、고질량전록수거집적생물신식학수거분석、분자생물학실험설계、기인다양성화유전변이분석등제공료중요적삼고표준.상관결과가통과http://biocompute bmi.ac.cn/transcriptome/index.htm방문.