遗传
遺傳
유전
HEREDITAS(BEIJING)
2010年
9期
921-228
,共-692页
曹宗富%马传香%王雷%蔡斌
曹宗富%馬傳香%王雷%蔡斌
조종부%마전향%왕뢰%채빈
全基因组关联研究%人群分层%祖先信息标记%随机SNP%Affymetrix SNP 6.0芯片
全基因組關聯研究%人群分層%祖先信息標記%隨機SNP%Affymetrix SNP 6.0芯片
전기인조관련연구%인군분층%조선신식표기%수궤SNP%Affymetrix SNP 6.0심편
在复杂疾病的全基因组关联研究中, 人群分层现象会增加结果的假阳性率, 因此考虑人群遗传结构、控制人群分层是很有必要的.而在人群分层研究中, 使用随机选择的SNP的效果还有待进一步探讨.文章利用HapMap Phase2人群中无关个体的Affymetrix SNP 6.0芯片分型数据, 在全基因组上随机均匀选择不同数量的SNP, 同时利用f值和Fisher精确检验方法筛选祖先信息标记(Ancestry Informative markers, AIMs).然后利用HapMap Phase3中的无关个体的数据, 以F-statistics和STRUCTURE分析两种方法评估所选出的不同SNP组合对人群的区分效果.研究发现, 随机均匀分布于全基因组的SNP可用于识别人群内部存在的遗传结构.文章进一步提示, 在全基因组关联研究中, 当没有针对特定人群的AIMs时, 可在全基因组上随机选择3 000以上均匀分布的SNP来控制人群分层.
在複雜疾病的全基因組關聯研究中, 人群分層現象會增加結果的假暘性率, 因此攷慮人群遺傳結構、控製人群分層是很有必要的.而在人群分層研究中, 使用隨機選擇的SNP的效果還有待進一步探討.文章利用HapMap Phase2人群中無關箇體的Affymetrix SNP 6.0芯片分型數據, 在全基因組上隨機均勻選擇不同數量的SNP, 同時利用f值和Fisher精確檢驗方法篩選祖先信息標記(Ancestry Informative markers, AIMs).然後利用HapMap Phase3中的無關箇體的數據, 以F-statistics和STRUCTURE分析兩種方法評估所選齣的不同SNP組閤對人群的區分效果.研究髮現, 隨機均勻分佈于全基因組的SNP可用于識彆人群內部存在的遺傳結構.文章進一步提示, 在全基因組關聯研究中, 噹沒有針對特定人群的AIMs時, 可在全基因組上隨機選擇3 000以上均勻分佈的SNP來控製人群分層.
재복잡질병적전기인조관련연구중, 인군분층현상회증가결과적가양성솔, 인차고필인군유전결구、공제인군분층시흔유필요적.이재인군분층연구중, 사용수궤선택적SNP적효과환유대진일보탐토.문장이용HapMap Phase2인군중무관개체적Affymetrix SNP 6.0심편분형수거, 재전기인조상수궤균균선택불동수량적SNP, 동시이용f치화Fisher정학검험방법사선조선신식표기(Ancestry Informative markers, AIMs).연후이용HapMap Phase3중적무관개체적수거, 이F-statistics화STRUCTURE분석량충방법평고소선출적불동SNP조합대인군적구분효과.연구발현, 수궤균균분포우전기인조적SNP가용우식별인군내부존재적유전결구.문장진일보제시, 재전기인조관련연구중, 당몰유침대특정인군적AIMs시, 가재전기인조상수궤선택3 000이상균균분포적SNP래공제인군분층.
