遗传
遺傳
유전
HEREDITAS(BEIJING)
2013年
8期
1014-1022
,共9页
赵美霞%张彪%刘胜毅%马渐新
趙美霞%張彪%劉勝毅%馬漸新
조미하%장표%류성의%마점신
白菜%甘蓝%转座子%转录组%转录读出%转座子插入位点
白菜%甘藍%轉座子%轉錄組%轉錄讀齣%轉座子插入位點
백채%감람%전좌자%전록조%전록독출%전좌자삽입위점
Brassica rapa%B.oleracea%transposon%transcriptome%transcription readout%TE insertion
转座子或转座元件是大多数真核生物基因组的主要组成成分.甘蓝(Brassicaoleracea)基因组比白菜(B.rapa)大主要是转座子的扩增差异造成的.然而,这两个芸薹属近缘物种转座子表达水平以及对基因的调控和功能的影响目前还不清楚.文章对白菜和甘蓝叶、根、茎3个器官的转录组数据进行了初步分析.结果显示,转座子的表达量很低,转录组reads中有1％来自转座子的转录本;转座子的表达存在器官差异,且不同类别和家族的转座子表达量相差很大,相同类别和同一家族的转座子在白菜和甘蓝基因组中的表达活性也不相同.进一步鉴定到转录读出的LTR反转座子,其与下游基因距离小于2 kb的有41个,小于100 bp的有9个,这些LTR的转录读出很可能通过正义或反义的转录本激活或干扰下游基因的表达.同时,具有转录读出的intact LTR比solo LTR具有更强的读出活性.通过深入分析转座子的插入位点发现,白菜基因组中转座子插入基因内部的频率比甘蓝基因组中的高;与反转座子相比,DNA转座子更偏向于插入或保留在基因的内含子当中.这些结果为认识转座子对其他蛋白编码基因的影响提供了基础.
轉座子或轉座元件是大多數真覈生物基因組的主要組成成分.甘藍(Brassicaoleracea)基因組比白菜(B.rapa)大主要是轉座子的擴增差異造成的.然而,這兩箇蕓薹屬近緣物種轉座子錶達水平以及對基因的調控和功能的影響目前還不清楚.文章對白菜和甘藍葉、根、莖3箇器官的轉錄組數據進行瞭初步分析.結果顯示,轉座子的錶達量很低,轉錄組reads中有1％來自轉座子的轉錄本;轉座子的錶達存在器官差異,且不同類彆和傢族的轉座子錶達量相差很大,相同類彆和同一傢族的轉座子在白菜和甘藍基因組中的錶達活性也不相同.進一步鑒定到轉錄讀齣的LTR反轉座子,其與下遊基因距離小于2 kb的有41箇,小于100 bp的有9箇,這些LTR的轉錄讀齣很可能通過正義或反義的轉錄本激活或榦擾下遊基因的錶達.同時,具有轉錄讀齣的intact LTR比solo LTR具有更彊的讀齣活性.通過深入分析轉座子的插入位點髮現,白菜基因組中轉座子插入基因內部的頻率比甘藍基因組中的高;與反轉座子相比,DNA轉座子更偏嚮于插入或保留在基因的內含子噹中.這些結果為認識轉座子對其他蛋白編碼基因的影響提供瞭基礎.
전좌자혹전좌원건시대다수진핵생물기인조적주요조성성분.감람(Brassicaoleracea)기인조비백채(B.rapa)대주요시전좌자적확증차이조성적.연이,저량개예대속근연물충전좌자표체수평이급대기인적조공화공능적영향목전환불청초.문장대백채화감람협、근、경3개기관적전록조수거진행료초보분석.결과현시,전좌자적표체량흔저,전록조reads중유1％래자전좌자적전록본;전좌자적표체존재기관차이,차불동유별화가족적전좌자표체량상차흔대,상동유별화동일가족적전좌자재백채화감람기인조중적표체활성야불상동.진일보감정도전록독출적LTR반전좌자,기여하유기인거리소우2 kb적유41개,소우100 bp적유9개,저사LTR적전록독출흔가능통과정의혹반의적전록본격활혹간우하유기인적표체.동시,구유전록독출적intact LTR비solo LTR구유경강적독출활성.통과심입분석전좌자적삽입위점발현,백채기인조중전좌자삽입기인내부적빈솔비감람기인조중적고;여반전좌자상비,DNA전좌자경편향우삽입혹보류재기인적내함자당중.저사결과위인식전좌자대기타단백편마기인적영향제공료기출.
