CAJ | 학술논문

随着雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii)基因组草图的完成,相关的基因组学研究已经全面展开.文章利用已公布的雷蒙德氏棉和拟南芥基因组序列,结合顺式作用元件(cis-regulatory element,CRE)数据库PLACE中的CRE序列信息,对两个物种中带有5,UTR注释的基因启动子上游1 000 bp序列进行CRE扫描和统计.结果表明,雷蒙德氏棉和拟南芥基因组中分别有44(12.3％)和57(15.5％)个CRE在启动子的特定位置呈峰状分布,其中在两个基因组均呈峰状分布的有34个,这些CRE又可以根据核心序列分为4大类.TATABOX类CRE顶峰在启动子中出现的位置和其真实位置(～-30 bp)具有一致性,预示CRE真实位置在不同基因启动子中相对保守,从而推测本研究中呈峰状分布CRE的顶峰位置可能就是转录因子和该CRE结合的真实位置.而同一CRE在两个基因组中存在的位置差异则主要源于雷蒙德氏棉基因的5,UTR长度变异大于拟南芥.另外,文章还发现绝大多数峰状分布的CRE的位置都集中在-110 bp～0 bp之间,这种集中的分布可能更有利于转录因子之间相互作用,从而调控下游基因的表达.
수착뢰몽덕씨면(Gossypium raimondii)기인조초도적완성,상관적기인조학연구이경전면전개.문장이용이공포적뢰몽덕씨면화의남개기인조서렬,결합순식작용원건(cis-regulatory element,CRE)수거고PLACE중적CRE서렬신식,대량개물충중대유5,UTR주석적기인계동자상유1 000 bp서렬진행CRE소묘화통계.결과표명,뢰몽덕씨면화의남개기인조중분별유44(12.3％)화57(15.5％)개CRE재계동자적특정위치정봉상분포,기중재량개기인조균정봉상분포적유34개,저사CRE우가이근거핵심서렬분위4대류.TATABOX류CRE정봉재계동자중출현적위치화기진실위치(～-30 bp)구유일치성,예시CRE진실위치재불동기인계동자중상대보수,종이추측본연구중정봉상분포CRE적정봉위치가능취시전록인자화해CRE결합적진실위치.이동일CRE재량개기인조중존재적위치차이칙주요원우뢰몽덕씨면기인적5,UTR장도변이대우의남개.령외,문장환발현절대다수봉상분포적CRE적위치도집중재-110 bp～0 bp지간,저충집중적분포가능경유리우전록인자지간상호작용,종이조공하유기인적표체.