计算机工程与应用
計算機工程與應用
계산궤공정여응용
COMPUTER ENGINEERING AND APPLICATIONS
2011年
18期
163-165
,共3页
编码方式%蛋白质二级结构预测%支持向量机
編碼方式%蛋白質二級結構預測%支持嚮量機
편마방식%단백질이급결구예측%지지향량궤
编码方式是影响蛋白质二级结构预测准确率的重要因素之一.针对单序列蛋白质二级结构预测问题,提出了一种新的综合编码方法.该编码是根据氨基酸出现在每种二级结构中的倾向因子以及氨基酸的疏水性值进行分类,并以二进制形式来表示每类氨基酸的编码方法.在相同的实验条件下,首先用不同的编码方式对数据集CB513进行编码,然后采用支持向量机的方法进行训练建模预测.实验结果显示提出编码的预测准确率比20位正交编码和5位编码分别高出1.48%和10.68%.可见,该编码比较适合非同源或低同源蛋白质结构预测.
編碼方式是影響蛋白質二級結構預測準確率的重要因素之一.針對單序列蛋白質二級結構預測問題,提齣瞭一種新的綜閤編碼方法.該編碼是根據氨基痠齣現在每種二級結構中的傾嚮因子以及氨基痠的疏水性值進行分類,併以二進製形式來錶示每類氨基痠的編碼方法.在相同的實驗條件下,首先用不同的編碼方式對數據集CB513進行編碼,然後採用支持嚮量機的方法進行訓練建模預測.實驗結果顯示提齣編碼的預測準確率比20位正交編碼和5位編碼分彆高齣1.48%和10.68%.可見,該編碼比較適閤非同源或低同源蛋白質結構預測.
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